Блог

Главная - Вопросы по программированию - knitr визуализирует отсутствующие метки в ggplots

knitr визуализирует отсутствующие метки в ggplots

#r #docker #ggplot2 #r-markdown #knitr

#r #docker #ggplot2 #r-markdown #knitr

Вопрос:

Я упаковываю программное обеспечение, необходимое для конвейера Snakemake. В комплект входит установка R 4.0.2, а также Tidyverse и некоторые пакеты Bioconductor (все через Conda Forge). В основном, кажется, что все работает, однако one step отображает документ .Rmd с помощью knitr::render . Визуализация документа выполняется без ошибок, но в изображении ggplot в HTML отсутствуют все метки:

введите описание изображения здесь

Когда я запускаю этот код в среде Conda на том же компьютере, он работает нормально. Я подозреваю, что для рендеринга текста в изображениях требуется некоторая библиотека, которую необходимо установить в контейнер Docker. Кто-нибудь сталкивался с этим раньше? Есть ли конкретная библиотека, которую мне нужно добавить в контейнер, чтобы решить эту проблему?

Изображение контейнера является общедоступным, если кто-то хочет протестировать его.

Дополнительная информация

Информация о сеансе

Вот sessionInfo() результат отрисовки HTML-кода.

 ## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Debian GNU/Linux 10 (buster)
## 
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /opt/conda/lib/libopenblasp-r0.3.10.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8       
##  [4] LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8    LC_MESSAGES=C.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C          
## [10] LC_TELEPHONE=C         LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] cowplot_1.1.0   magrittr_1.5    forcats_0.5.0   stringr_1.4.0  
##  [5] dplyr_1.0.2     purrr_0.3.4     readr_1.3.1     tidyr_1.1.2    
##  [9] tibble_3.0.3    ggplot2_3.3.2   tidyverse_1.3.0 Matrix_1.2-18  
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] tidyselect_1.1.0 xfun_0.18        haven_2.3.1      lattice_0.20-41 
##  [5] colorspace_1.4-1 vctrs_0.3.4      generics_0.0.2   htmltools_0.5.0 
##  [9] yaml_2.2.1       blob_1.2.1       rlang_0.4.7      pillar_1.4.6    
## [13] withr_2.3.0      glue_1.4.2       DBI_1.1.0        dbplyr_1.4.4    
## [17] modelr_0.1.8     readxl_1.3.1     lifecycle_0.2.0  munsell_0.5.0   
## [21] gtable_0.3.0     cellranger_1.1.0 rvest_0.3.6      evaluate_0.14   
## [25] knitr_1.30       fansi_0.4.1      broom_0.7.1      Rcpp_1.0.4.6    
## [29] scales_1.1.1     backports_1.1.10 jsonlite_1.7.1   farver_2.0.3    
## [33] fs_1.5.0         hms_0.5.3        digest_0.6.25    stringi_1.5.3   
## [37] grid_4.0.2       cli_2.0.2        tools_4.0.2      crayon_1.3.4    
## [41] pkgconfig_2.0.3  ellipsis_0.3.1   xml2_1.3.2       reprex_0.3.0    
## [45] lubridate_1.7.9  assertthat_0.2.1 rmarkdown_2.4    httr_1.4.2      
## [49] rstudioapi_0.11  R6_2.4.1         compiler_4.0.2

Комментарии:

1. Эта проблема с github может быть актуальной.

2. @ManavalanGajapathy это была именно проблема — очень признателен! Там они дают несколько решений, но я опубликовал одно, которое, на мой взгляд, является общим.

3. Рад помочь!

Ответ №1:

Проблема с GitHub, на которую указал @ManavalanGajapathy в комментарии, идентична тому, что я испытал. В итоге, контейнер Docker Miniconda3 (на основе Debian), с которого я начинаю, не включает шрифты, которые R может использовать при построении графика. В теме обсуждается несколько вариантов установки шрифтов как на уровне Docker (apt-get), так и на уровне Conda.

Решение, которое я в итоге выбрал, заключалось в добавлении зависимости fonts-conda-ecosystem в мою среду Conda. Теперь конечный результат:

введите описание изображения здесь