#python-3.x #subprocess #singularity-container
#python-3.x #подпроцесс #сингулярность-контейнер
Вопрос:
Я пытаюсь запустить подпроцесс python внутри контейнера Singularity следующим образом:
singularity exec image_name python python_task.py
И внутри python_task.py он вызывает эту функцию с помощью cmd:
def run_shell_cmd(cmd):
p = subprocess.Popen(
['/bin/bash', '-o', 'pipefail'], # to catch error in pipe
stdin=subprocess.PIPE,
stdout=subprocess.PIPE,
stderr=subprocess.PIPE,
universal_newlines=True,
preexec_fn=os.setsid) # to make a new process with a new PGID
pid = p.pid
pgid = os.getpgid(pid)
log.info('run_shell_cmd: PID={}, PGID={}, CMD={}'.format(pid, pgid, cmd))
t0 = get_ticks()
stdout, stderr = p.communicate(cmd)
rc = p.returncode
t1 = get_ticks()
err_str = (
'PID={pid}, PGID={pgid}, RC={rc}, DURATION_SEC={dur:.1f}n'
'STDERR={stde}nSTDOUT={stdo}'
).format(
pid=pid, pgid=pgid, rc=rc, dur=t1 - t0, stde=stderr.strip(), stdo=stdout.strip()
)
if rc:
# kill all child processes
try:
os.killpg(pgid, signal.SIGKILL)
except:
pass
finally:
raise Exception(err_str)
else:
log.info(err_str)
return stdout.strip('n')
Но я получаю эту ошибку / исключение
Exception: PID=23793, PGID=23793, RC=255, DURATION_SEC=0.1
STDERR=WARNING: Could not lookup the current user's information: user: unknown userid 29931
FATAL: Couldn't determine user account information: user: unknown userid 29931
Любые предложения о том, как это исправить? Я думаю, что идентификатор пользователя 29931 отсутствует внутри контейнера, что приводит к этой ошибке. Но я не уверен, как это исправить.
Комментарии:
1. Я не могу воспроизвести это с
docker://python:3.8-slim
помощью изображения. Не могли бы вы обновить свой вопрос с помощью изображения singularity, которое вы используете, и вашего идентификатора пользователя (выводаid -u
?) Кроме того, в какой операционной системе вы работаете?