Код / процесс для запуска rmarkdown в base R

#r

#r

Вопрос:

Все мои коды разработаны в base R, и я не хочу использовать RStudio, однако я хочу использовать функцию rmarkdown в base R, которая доступна в Rstudio.

Я загрузил пакет rmarkdown в base r, но не смог получить код для публикации моей работы

Все выходные данные моих кодов, написанных на R, должны быть доступны для просмотра через веб-браузер.

Комментарии:

1. R Markdown использует pandoc для генерации html / PDF-файлов. Попробуйте разобраться в этом.

Ответ №1:

Сначала убедитесь, что вы используете .Rmd в качестве расширения файла. Если нет, переименуйте его в .Rmd расширение. Убедитесь, что в вашей ОС установлен Pandoc.

Затем добавьте следующее в начало файла:

 ---
title: "Your notebook title"
output: html_document
---
  

output : может принимать любое значение. Вы можете передать значение ioslides_presentation , например, если хотите, но, похоже html_document , оно очень хорошо соответствует критериям того, что вы хотите.

Как только у вас это получится, напишите свой код в любом редакторе (или в консоли R, если хотите). Используйте фрагменты кода и форматирование текста markdown, как обычно:

 ```{r}
plot(1:10)
```
  

В моей базовой консоли R это mynotebook.Rmd выглядит так:
введите описание изображения здесь

Наконец, используйте render() функцию из rmarkdown . Вы можете либо присоединить его, либо запустить render() :

 library(rmarkdown)
render("mynotebook.Rmd")
  

Или выполнить rmarkdown::render("mynotebook.Rmd") .

Обратите внимание, что использование RStudio вообще не требуется, поскольку Pandoc — это конвертер документов, выполняющий эту задачу. Для тех, кто склонен к этому, это то, что говорится в его документации:

Когда вы запускаете render, R Markdown передает .Rmd файл в knitr , который выполняет все фрагменты кода и создает новый документ markdown (.md), который включает код и его выходные данные.

Файл markdown, созданный с помощью knitr , затем обрабатывается pandoc, который отвечает за создание готового формата.

Это может показаться сложным, но R Markdown делает это чрезвычайно простым, инкапсулируя всю вышеупомянутую обработку в единую функцию рендеринга.