Блог

Мне действительно нужна ваша помощь, чтобы объединить два файла (с 3 столбцами) на основе $ 1 $ 2 и получить все значения в $ 3 и заменить пустой / пустой на 0. Заранее большое спасибо

файл1:

 chr1 1000001 135       
chr2 1000002 57
chr2 4400002 117    
chr6 1000003 172
  

файл2:

 chr1 1000001 377       
chr1 5500002 320       
chr6 1000003 432
  

Желаемый результат:

 chr1 1000001 135    377    
chr1 5500002  0    320     
chr2 1000002 57     0
chr2 4400002 117      0
chr6 1000003 172   432
  

Я пробовал

 awk -F't' 'NR==FNR{A[$1$2]=$3; next} {A[$1$2]; B[$1$2]=$3} END{for (id in A) print id,A[id],B[id], "0"}' OFS='t' File1 File2
  

Вывод

 chr1 1000001 135       
chr1 1000001 377       
chr1 5500002 320       
chr2 1000002 57
chr2 4400002 117    
chr6 1000003 172
chr6 1000003 432
  

Не могли бы вы, пожалуйста, попробовать следующее, написанное и протестированное с показанными примерами только в GNU awk .

 awk '
FNR==NR{
  a[$1 OFS $2]=$NF
  next
}
{
  if(($1 OFS $2) in a){
    d[$1 OFS $2]
    $(NF 1)=a[$1 OFS $2]
  }
  else{
    $(NF 1)=0
  }
  print
}
END{
  for(i in a){
    if(!(i in d)){
      print i,"0",a[i]
    }
  }
}
' Input_file2  Input_file1 | sort -k1
  

Вывод будет следующим.

 chr1 1000001 135 377
chr1 5500002 0 320
chr2 1000002 57 0
chr2 4400002 117 0
chr6 1000003 172 432