#r #plot #reliability
#r #график #надежность
Вопрос:
Кто-нибудь знает, как изменить ylim на графиках Bland-Altman при использовании этого кода? Я хотел бы использовать приведенный ниже код для графиков bland-altman, потому что мне нравится, как они выглядят, и насколько легко добавить 95% CIS.
library(BlandAltmanLeh)
set.seed(1)
a <- rnorm(40,30,10)
b <- 1.01*a rnorm(40)
x <- bland.altman.plot(a,b, xlab="mean", ylab="difference")
Комментарии:
1. невозможно, учитывая, как они написали функцию. вы можете воссоздать базовый график
ba <- bland.altman.stats(a, b); plot(ba$means, ba$diffs, ylim = c(-3, 2), panel.last = abline(h = ba$lines, lty = 2))и изменить его по своему усмотрению. просто прочитайте кодBlandAltmanLeh:::bland.altman.base, чтобы увидеть, как он рисуется2. выглядит не так красиво, хотя у меня было много добавленных вещей, например, CI. Super раздражает. Должно быть, на то есть веская причина, но когда вы хотите иметь два графика Bland-Altman рядом, для них имеет смысл иметь одну и ту же ось y.
3. просто прочитайте код
BlandAltmanLeh:::bland.altman.baseи используйте одни и те же вызовы, и он будет выглядеть идентично. есть три вызоваabline, я показал только один
Ответ №1:
Мне удалось закодировать график bland-altman, очень похожий на тот, который был получен этим пакетом:
library(BlandAltmanLeh)
Diff <- data.frame(Diff1 = runif(50, 250.0, 500.0), Diff2 = runif(50, 200.0, 400.0))
ba.stats <- bland.altman.stats(Diff$Diff2, Diff$Diff1)
summary(ba.stats$CI.lines)
ba.stats2 <- as.data.frame(cbind(ba.stats$means, ba.stats$diffs))
BA.plot <- ggExtra::ggMarginal(ggplot(ba.stats2, aes(V1,V2)) geom_point() theme_bw()
geom_hline(yintercept = ba.stats$lines, linetype="dashed", size=1)
labs(x = "Means", y = "Difference (S2-S1)") ylim(-300, 150)
geom_hline(yintercept = ba.stats$CI.lines, col = "grey", linetype="dashed", size = 0.70), type = "histogram")
print(BA.plot)
