Установите пакет R в Dockerfile в Deepnote

#r #docker #deepnote

#r #docker #deepnote

Вопрос:

Я настроил пользовательскую среду с ядром R в Deepnote, и я хочу использовать Dockerfile для установки пакета mosaic (в противном случае мне приходится устанавливать его вручную каждый день, и это занимает некоторое время). Когда я добавляю

 RUN R -e 'install.packages("mosaic")'
  

после IRkernel::installspec строки в Dockerfile я получаю следующий вывод:

 Step #1: > install.packages("mosaic")
Step #1: Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Step #1: (as ‘lib’ is unspecified)
Step #1: Warning in install.packages("mosaic") :
Step #1:   'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Step #1: Error in install.packages("mosaic") : unable to install packages
Step #1: Execution halted
Step #1: The command '/bin/sh -c R -e 'install.packages("mosaic")'' returned a non-zero code: 1
Finished Step #1
ERROR
ERROR: build step 1 "gcr.io/cloud-builders/docker" failed: step exited with non-zero status: 1
Step #1: 
  

Что я делаю не так?

Ответ №1:

Пример, на который вы ссылаетесь, содержит sudo :

 RUN sudo apt-get update amp;amp; 
    sudo apt-get install -y r-base

RUN sudo R -e "install.packages('IRkernel', repos='http://cran.rstudio.com/')"
    ^^^^
  

Вероятно, вам это тоже понадобится, поскольку вы получите is not writable сообщение.

Комментарии:

1. Спасибо, это сделало свое дело! Мне также пришлось добавить команду repos='http://cran.rstudio.com/' для установки.