#snakemake
#snakemake
Вопрос:
Некоторые аргументы snakemake следуют шаблону key=value . Я хотел бы добавить их в файл yaml профиля snakemake.
например, аргументы командной строки должны храниться в профиле snakemake.
--default-resources mem=50 time=5
Я попробовал два следующих варианта, но это не сработало:
default-resources: "mem=50 time=5"
default-resources:
mem: 50
time: 5
Проблема продолжается для snakemake> 6.3 https://github.com/snakemake/snakemake/issues/1186
Ответ №1:
Я не тестировал это, но поскольку я считаю, что это файл yaml, я думаю, вам следует добавить тире в строку:
default-resources:
- mem: 50
- time: 5
Комментарии:
1. Я делал это раньше, могу подтвердить, что это работает для ресурсов.
2. Извините, это решение не работает для меня. С snakemake V5.26
3. Что не работает? Snakemake может быть странным, когда использовать — и когда использовать _ , так что, возможно, попробуйте с
default_resources
Ответ №2:
Что сработало для меня, так это следующий синтаксис, который немного расходится с определением yaml.
default-resources:
- mem=50
- time=5
Где определения ресурсов интерпретируются как строки.