Сбой установки RcppGSL в Google Colab (R notebook)

#google-colaboratory #rcpp

#google-colaboratory #rcpp

Вопрос:

install.packages("RcppGSL") приводит к

 Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified) 
Warning message in install.packages("RcppGSL"):
“installation of package ‘RcppGSL’ had non-zero exit status”
  

[Редактировать: это все. Colab больше ничего не печатает. функция traceback() также возвращает просто «Трассировка недоступна»]

в Google colab.

Вы можете открыть R Notebook в Colab с помощью нового Colab R notebook

Правка 2: решение

  1. Откройте записную книжку python в colab. Необходимо выполнить несколько команд терминала, которые не работают в R-версии colab-notebook.

  2. Выполните следующее

 !sudo apt install libgsl-dev
!pip install rpy2
%reload_ext rpy2.ipython
  
  1. Теперь вы можете запускать код R в ячейках, помещая %%R в начало ячейки:
 %%R
install.packages("RcppGSL")
library(RcppGSL)
rnorm(5)
  

Ответ №1:

Это неполный пост. Вы не отображаете фактическое сообщение об ошибке, поэтому мы не можем вам помочь.

Скорее всего, вы просто забыли установить пакет разработки GSL. В системе Debian / Ubuntu это будет через

 sudo apt install libgsl-dev
  

но если у вас есть такая система, вы можете даже установить предварительно созданный двоичный файл для RcppGSL из ОС:

 sudo apt install r-cran-rcppgsl
  

Редактировать: вам также может потребоваться обратиться к документации Google Colab, чтобы подтвердить, действительно ли вы можете установить другие (системные) пакеты или нет. В качестве альтернативы, в RStudio Cloud (теперь коммерческий продукт с ограниченным количеством бесплатных часов) вы можете легко устанавливать пакеты. Может быть, попробуйте свой код там?

Комментарии:

1. Спасибо, не знал о RStudio Cloud.