Блог

У меня два файла. File1 содержат следующие идентификаторы:

 id/35651
id/35325
id/20993
id/30167
id/29807
id/28315
id/29759
id/27715
id/26884
id/30412
  

File2 содержит несколько идентификаторов, похожих на шаблон File1 , за которыми следует многострочное описание. Теперь я хочу распечатать все идентификаторы с описанием, из File2 которых присутствуют File1 .
Файл2 огромен. У меня здесь уменьшенная версия

 >id/30412
GCACACATTTTCTCGCGCTCTCTCCGGCTCTCCTTTGTTTATTTTCTAATCTATATTTTTACTGGAAGAT
TTCCTCTTTATTCTCTCCCGCCCTCCTACAAGCGCTCTTGCTGGCCGTCTGGGTGCACACACCGCTCCCT
CGATCACCCCAGCCCCCTTCCTGGTCTCCCGAGCGCGGGGTTTGAAGGTCACCTCCTTTCCAGTCCCCGT
GCGAGCCGCGCTGCCGCCGCCTCCTCCAGCCAGAGTCGGTGGGACTGGCTGCGCTGCCCTGAAGTGGTTC
TCCAAGCAGCGCGGAGGGTGGCGGACGGCGGACGGAGCCCAGGGGCCGCGTCGGGTGGGGAAACCCGAAC
>id/28315
TCGCGGAGGGGAATCCCTCCCCCTCCGCCCCAGCCCCCCAGCAGCACCCGCGGTGGGGCGGGGGCGCTCT
GCCAGCCCCGGGAACAGCAGAGGCGGCGGCACTGGCTGGACCCACGCGCGCGCCTCCGGGGCTGAAGAAG
GAAGGAGTGAGCCGAGCCGAGCACCCCACATCTGGAGGGGACAGCCAGCCGTGGGCCCCGCCCCGGCGTC
CGGAGCAGGAGAACTCCGAGCTTCTTGCCCAGGCAGAGAGAGCAGGAGCGGACCGCGCGCCCGGGATTGA
>id/2313
GAGTCCTTGCGCTCCAGACCCCCACCCAGTGGCCGCCAGGGTCCCCGCCTGTCCGGACCCTCGCCGCGCC
CAGGCAGGCGCGCCAGGGCGGGGCTGACCTGCCCGCGAAGTTGCGGACAGTGCGTGAGAAACCAGCACCC
CCTTTATGGAAACTGGTCAAAGAACTCATGCAAGTGGAACTTACAGCTTCCTTGATCGGACTCAGCATTC
AGGGCCCAGTTTGCTCCCCCGCAGAACGGTATCCCCGCGGAATACACGGCCCCTCATCCCCACCCCGCGC
CAGAGTACACAGGCCAGACCACGGTTCCCGAGCACACATTAAACCTGTACCCTCCCGCCCAGACGCACTC
>id/26884
CGAGCAGAGCCCGGCGGACACGAGCGCTCAGACCGTCTCTGGCACCGCCACACAGACAGATGACGCAGCA
CCGACGGATGGCCAGCCCCAGACACAACCTTCTGAAAACACGGAAAACAAGTCTCAGCCCAAGCGGCTGC
ATGTCTCCAATATCCCCTTCAGGTTCCGGGATCCGGACCTCAGACAAATGTTTGGTCAATTTGGTAAAAT
CTTAGATGTTGAAATTATTTTTAATGAGCGAGGCTCAAAGGGATTTGGTTTCGTAACTTTCGAAAATAGT
>id/29807
GCCGATGCGGACAGGGCGAGGGAGAAATTACACGGCACCGTGGTAGAGGGCCGTAAAATCGAGGTAAATA
ATGCCACAGCACGTGTAATGACAAATAAAAAGACCGTCAACCCTTATACAAATGGCTGGAAATTGAATCC
AGTTGTGGGTGCAGTCTACAGTCCCGAATTCTATGCAGCACGGTCCTGTTGTGCCAGGCCAACCAGGAGG
GATCTTCCATGTACAGTGCCCCCAGTTCACTTGTATATACTTCTGCAATGCCAGGCTTCCCGTATCCAGC
AGCCACCGCCGCGGCCGCCTACCGAGGGGCGCACCTGCGAGGCCGCGGTCGCACCGTGTACAACACCTTC
>id/980
AGGGCCGCGGCGCCCCCGCCCCCGATCCCGGCCTACGGCGGTGTTGTTTACCAGGATGGATTTTATGGTG
CAGACATTTATGGTGGTTATGCTGCATACCGCTACGCCCAGCCTACCCCTGCCACTGCCGCTGCCTACAG
TGACAGTTACGGACGAGTTTATGCTGCCGACCCCTACCACCACGCACTTGCTCCAGCCCCCACCTACGGC
GTTGGTGCCATGAATGCTTTTGCACCTTTGACTGATGCCAAGACTAGGAGCCATGCTGATGATGTGGGTC
TCGTTCTTTCTTCATTGCAGGCTAGTATATACCGAGGGGGATACAACCGTTTTGCTCCATACTAAATGAC
AAAACCATAAAAACCTTCCAATGTGGGGAGAAAGGAAGCTTTCCGAGGCCTGAGTATTGCAATACATGCA
GTAGTACATCATTTTAGCAACTCT
  

Я могу сделать это один за другим с помощью следующей команды:

 sed -n -e '/id/30412/,/id/p' File2
  

Но я не уверен, как сообщить sed для получения входных данных File1 .

Кроме того, можно ли не печатать соответствующий шаблон idnumber в последней строке?

Это может сработать для вас (GNU sed):

 sed 's|id/(.*)|\#^>id/1$#{:1;n;/^>/ba;b1}|' file1 |
sed -e ':a' -f - -e 'd' file2
  

Создайте сценарий sed из file1 и запустите его против file2.

Для каждого идентификатора создайте цикл, который печатает текущую строку, затем извлекает следующую строку ( n ), а затем проверяет, начинается ли эта строка с < . Если это происходит, скрипт прерывается :a и проверяет наличие нового идентификатора, в противном случае он печатает текущие строки и циклы с уникальным заполнителем на основе текущего идентификатора и продолжает печать.

Строки, которые не соответствуют ни одному идентификатору, удаляются ( d ).