Блог

Вот мой фрейм данных:

 > dput(x)
structure(list(cell_type = c("Macrophage_M2", "Monocyte", "Mast_cell", 
"T_cell_CD4 _effector_memory", "T_cell_CD4 _memory", "T_cell_CD8 _naive", 
"B_cell_plasma", "T_cell_CD4 _(non-regulatory)", "T_cell_CD4 _Th2", 
"Endothelial_cell", "T_cell_NK", "T_cell_regulatory_(Tregs)", 
"Cancer_associated_fibroblast", "T_cell_CD4 _central_memory", 
"Hematopoietic_stem_cell", "T_cell_regulatory_(Tregs)", "Hematopoietic_stem_cell", 
"Common_myeloid_progenitor", "Endothelial_cell", "Macrophage_M2"
), cluster = c("1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", 
"3", "3", "3", "3", "3", "4", "4", "4", "4", "4"), vt_score = c(0.620725205988837, 
0.565049819839983, 0.555015252291001, 0.529856563905404, 0.467454576797864, 
0.434671831438467, 0.367378221155799, 0.357576774722313, 0.305798026454146, 
0.222533326094146, 0.457134190027398, 0.447470659870985, 0.447033729409117, 
0.374612139728217, 0.347672664499527, 0.319135092044291, 0.172082683316721, 
0.116551044539405, 0.0763883445051204, 0.0268403599993589), id_col = c(1L, 
2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 
3L, 4L, 5L), colors = c("#0D0887FF", "#7E03A8FF", "#CC4678FF", 
"#F89441FF", "#F0F921FF", "#0D0887FF", "#7E03A8FF", "#CC4678FF", 
"#F89441FF", "#F0F921FF", "#0D0887FF", "#7E03A8FF", "#CC4678FF", 
"#F89441FF", "#F0F921FF", "#0D0887FF", "#7E03A8FF", "#CC4678FF", 
"#F89441FF", "#F0F921FF"), shapes = c(16, 16, 16, 16, 16, 17, 
17, 17, 17, 17, 18, 18, 18, 18, 18, 19, 19, 19, 19, 19)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-20L))
  

Первые 10 строк для наглядности:

 > head(x, n =10)
                      cell_type cluster  vt_score id_col    colors shapes
1                 Macrophage_M2       1 0.6207252      1 #0D0887FF     16
2                      Monocyte       1 0.5650498      2 #7E03A8FF     16
3                     Mast_cell       1 0.5550153      3 #CC4678FF     16
4   T_cell_CD4 _effector_memory       1 0.5298566      4 #F89441FF     16
5            T_cell_CD4 _memory       1 0.4674546      5 #F0F921FF     16
6             T_cell_CD8 _naive       2 0.4346718      1 #0D0887FF     17
7                 B_cell_plasma       2 0.3673782      2 #7E03A8FF     17
8  T_cell_CD4 _(non-regulatory)       2 0.3575768      3 #CC4678FF     17
9               T_cell_CD4 _Th2       2 0.3057980      4 #F89441FF     17
10             Endothelial_cell       2 0.2225333      5 #F0F921FF     17
  

Итак, здесь есть 4 кластера, и с каждым кластером связана фигура (т.Е. Столбец фигур). Для каждого кластера существует 5 cell_types значений и цвет, связанный с каждым значением cell_type (т.Е. Столбец colors). Я хочу раскрасить и придать форму с помощью столбцов colors и shapes , но хочу показать фактические cell_type метки as в легенде. Я пробовал ниже, но, похоже, это не работает:

 ggplot(data = x, aes(x = cluster, y = vt_score, 
                     color = cell_type, shape = cell_type))  
  geom_point(size = 5, alpha =  0.8)  
  scale_color_manual(labels = x$cell_type, 
                     values = x$colors)  
  scale_shape_manual(labels = x$cell_type, 
                     values = x$shapes)
  

То, что я получаю, неверно (цвета, формы и cell_types, похоже, не совпадают)

Обновить:

Я использовал ограничения, основанные на предложении @aosmith ниже, и это сработало:

 
# add cell_type and cluster combination for duplicates
x$cell_type_lab <- paste0(x$cell_type,'_',x$cluster)

# use limits, labels (for legend) and values (colors/shapes) 
ggplot(data = x, aes(x = cluster, y = vt_score, 
                     color = cell_type_lab, shape = cell_type_lab))  
  theme_bw()   theme_Publication2()  
  geom_point(size = 10, alpha =  0.7, position=position_dodge(width=0.05))  
  scale_color_manual(limits = x$cell_type_lab,
                     labels = x$cell_type,
                     values = x$colors)  
  scale_shape_manual(limits = x$cell_type_lab, 
                     labels = x$cell_type,
                     values = x$shapes)
  

Чтобы получить цвета и ключ легенды в правильном порядке, используйте cell_type вектор из набора данных в качестве limits наряду с передачей цветов из набора данных values в . Затем, если вам нужно изменить метки, а также порядок условных обозначений, вы можете передать вектор меток labels (в том же порядке, что и два других вектора).

 ggplot(data = x, aes(x = cluster, y = vt_score, 
                    color = cell_type))  
     geom_point(size = 5, alpha =  0.8)  
     scale_color_manual(limits = x$cell_type,
                        values = x$colors)