Блог

Надеюсь, это имеет смысл, и заранее благодарю вас за ваше время 🙂

Я создал гистограмму, чтобы визуализировать обогащение генной онтологии генами, значительно сниженными в наборе данных микрочипа.

Я пытаюсь увеличить размер заголовка, «Сложить обогащение», цифры на оси y и метки на оси x. Мне удалось увеличить размер чисел, обозначающих столбцы (в geom_text), но я действительно изо всех сил пытался увеличить размер приведенного выше текста.

Содержимое моего текстового файла

процесс fold_enrichment FDR

Mammillary_axonal_complex_development 200 <0.01

Corticospinal_tract_morphogenesis 200 <0,1

Notochord_morphogenesis 200 <0,1

Сомитогенез 52.27 <0.01

Окостенение 16.87 <0.1

Epithelial_tube_morphogenesis 12.85 <0.1

Регулирование_of_cell_differentiation 4.92 <0.01

Мой код

 dnfgfr1d <- read.table("dnfgfr1d.txt", header = TRUE)

library(ggplot2) 

bc1d <- ggplot(dnfgfr1d, aes(x = reorder(process, fold_enrichment), y = fold_enrichment, fill = FDR))   
  geom_bar(stat = "identity", width = 0.5)  
  ggtitle("Genes down regulated by dnFGFR1")  
  geom_text(aes(label = fold_enrichment), nudge_y = 8, color = "black", size=4)   
  scale_y_continuous(breaks = seq(0,220,by = 20), limits=c(0,220), expand=c(0,0))  
  xlab("")  
  ylab("Fold enrichment")  
  labs(fill='FDR')  
  scale_x_discrete(labels=c("Regulation of cell differentiation",
                            "Epithelial tube morphogenesis",
                            "Ossification",
                            "Somitogenesis",
                            "Notochord morphogenesis",
                            "Corticospinal tract morphogenesis",
                            "Mammillary axonal complex development"))  
  coord_flip()  
  theme_classic()   
  theme(plot.title = element_text(hjust=0.5))

bc1d   scale_fill_manual(breaks = c("<0.01", "<0.1"), 
                         values=c("#3399CC", "#000099"))
  

Любая помощь по этому вопросу была бы очень признательна, поскольку я некоторое время боролся с этим, и мне нужно многократно использовать этот код для генерации нескольких цифр для моей диссертации.

Спасибо,

Liv

Это действительно хороший обзор от Генри Вана, который отображает все различные элементы, которые можно изменить с помощью theme() функции в ggplot.

В вашем случае вам придется использовать bc1d theme(axis.text.x = element_text(size = 14))

Обратите внимание, что вы можете специально настроить размер оси x или оси y, поскольку они унаследованы axis.text и, следовательно, также работают с element.text()

Если вам нужна более подробная информация, вы всегда можете посетить ссылку, как прокомментировал @jared_mamrot.

Все это можно сделать в аргументе темы.

 bc1d   theme(axis.text=element_text(size=12),
        axis.title=element_text(size=14,face="bold"))