Блог

У меня есть вывод объекта mids от MICE, на котором мне нужно запустить серию стратифицированных отрицательных биномиальных моделей (glm.nb ()). Переменная стратификации («давление») сама по себе вменяется. Приведенный ниже код устанавливает подмножества данных в функции glm.nb().

Является ли это правильным подходом для запуска стратифицированных моделей?

 library("mice") # For MI
library("MASS") # For glm.nb()

set.seed(09212020)

df <- data.frame("ethnicity" = sample(1:4, 50, replace = TRUE) ,
                  "education" = sample(1:4, 50, replace = TRUE) ,
                  "age" = sample(50:90, 50, replace = TRUE) ,
                  "pressure" = sample(0:12, 50, replace = TRUE),
                  "outcome_rate" = sample(0:6, 50, replace = TRUE),
                  "exposure_quart" = sample(1:4, 50, replace=TRUE,
                                            prob=c(0.1, 0.2, 0.65, 0.05)))


# Insert NAs for MICE
df <- as.data.frame(lapply(df, function(cc) cc[ sample(c(TRUE, NA), prob = c(0.85, 0.15), 
                                                 size = length(cc), replace = TRUE) ]))

# Run MICE
imp <- mice(data = df, m = 2, maxit = 1)

# Attempt to run stratified model on the mids object
# This is the portion I'm seeking to have confirmed/updated
m1 <- with(imp, (glm.nb(outcome_rate ~ exposure_quart   ethnicity   education   age   pressure, 
                        subset = imp$imp$pressure < 9)))

m1