#r #ggplot2 #geom-bar
#r #ggplot2 #геометрическая панель
Вопрос:
Я использую следующий myggdf
фрейм данных в R
structure(list(Signature = c(1L, 3L, 5L, 1L, 3L, 5L, 1L, 3L,
5L, 1L, 3L, 5L), Sample = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L,
3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("F.vcf", "G.vcf", "H.vcf",
"I.vcf"), class = "factor"), Contribution = c(638.885179211473,
403.558378092796, 237.864729405206, 621.475592580731, 507.076811680132,
844.111458945023, 340.773496994329, 693.189161464458, 868.648293203769,
350.293155215537, 796.162462388531, 393.009724831982), label = c("lung",
"lung", "lung", "lung", "lung", "lung", "ovary", "ovary", "ovary",
"ovary", "ovary", "ovary")), row.names = c(NA, -12L), class = "data.frame")
Signature Sample Contribution label
1 1 F.vcf 638.8852 lung
2 3 F.vcf 403.5584 lung
3 5 F.vcf 237.8647 lung
4 1 G.vcf 621.4756 lung
5 3 G.vcf 507.0768 lung
6 5 G.vcf 844.1115 lung
7 1 H.vcf 340.7735 ovary
8 3 H.vcf 693.1892 ovary
9 5 H.vcf 868.6483 ovary
10 1 I.vcf 350.2932 ovary
11 3 I.vcf 796.1625 ovary
12 5 I.vcf 393.0097 ovary
и хотелось бы отобразить данные в виде сложенных столбцов (вклад для каждой подписи) для каждого образца, дополнительно сгруппированных по метке (типу ткани).
Используя следующий код
ggplot(myggdf, aes(x=Sample, y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack') facet_grid(~label)
возвращает этот график, который не слишком далек от того, что я ожидаю.
Однако, как получить образец, отображаемый только в соответствующем аспекте?
Обратите внимание, что я не очень привязан к отображению фасетов. Если есть решение для кластеризации сложенных столбцов по меткам на одной панели, все хорошо.
Спасибо за любой совет
Комментарии:
1. Пожалуйста, укажите
dput
версию вашего фрейма данных — его гораздо проще загрузить в локальную среду.
Ответ №1:
Одним из вариантов было бы добавить scales="free_x"
в facet_grid
:
library(ggplot2)
myggdf <- structure(list(Signature = c(1L, 3L, 5L, 1L, 3L, 5L, 1L, 3L,
5L, 1L, 3L, 5L), Sample = c("F.vcf", "F.vcf", "F.vcf", "G.vcf",
"G.vcf", "G.vcf", "H.vcf", "H.vcf", "H.vcf", "I.vcf", "I.vcf",
"I.vcf"), Contribution = c(638.8852, 403.5584, 237.8647, 621.4756,
507.0768, 844.1115, 340.7735, 693.1892, 868.6483, 350.2932, 796.1625,
393.0097), label = c("lung", "lung", "lung", "lung", "lung",
"lung", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary")), row.names = c(NA,
-12L), class = "data.frame")
ggplot(myggdf, aes(x=Sample, y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack') facet_grid(~label, scales = "free_x")
Комментарии:
1. Спасибо @stefan, это то, что я искал!
Ответ №2:
Возможно, одним из вариантов было бы использование interaction()
такого. Также вы можете включить scales
опцию внутри facet_*()
функций для изменения формы оси, как это делает @stefan. Здесь код:
#Code
ggplot(myggdf, aes(x=interaction(Sample,label), y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack')
Вывод:
И опция с фасетами подразумевает создание новых переменных, подобных этим:
library(tidyverse)
#Data and plot
myggdf %>%
mutate(Var='var',Newlabel=paste0(Sample,'-',label)) %>%
ggplot(aes(x=Var, y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack')
facet_wrap(.~Newlabel,scales='free')
Вывод:
И если требуется только одна строка для графиков, следующий код может быть полезен:
#Data and plot 2
myggdf %>%
mutate(Var='var',Newlabel=paste0(Sample,'-',label)) %>%
ggplot(aes(x=Var, y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack')
facet_wrap(.~Newlabel,scales='free_x',nrow = 1)
Вывод:
Некоторые используемые данные:
#Data
myggdf <- structure(list(Signature = c(1L, 3L, 5L, 1L, 3L, 5L, 1L, 3L,
5L, 1L, 3L, 5L), Sample = c("F.vcf", "F.vcf", "F.vcf", "G.vcf",
"G.vcf", "G.vcf", "H.vcf", "H.vcf", "H.vcf", "I.vcf", "I.vcf",
"I.vcf"), Contribution = c(638.8852, 403.5584, 237.8647, 621.4756,
507.0768, 844.1115, 340.7735, 693.1892, 868.6483, 350.2932, 796.1625,
393.0097), label = c("lung", "lung", "lung", "lung", "lung",
"lung", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary", "ovary")), class = "data.frame", row.names = c("1",
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12"))
Обновление: для лучшего различия в оси можно настроить метки следующим образом:
#Data and plot 3
myggdf %>%
mutate(Newlabel=paste0(Sample,' (',label,')')) %>%
ggplot(aes(x=Newlabel, y=Contribution, fill=as.factor(Signature)))
geom_bar(stat="identity", position='stack')
xlab('Sample-Tissue')
Вывод:
Комментарии:
1. Спасибо @Duck, мне нравится первый вариант. Хотя читаемость все еще можно улучшить, лучше разделив столбцы, принадлежащие к разным тканям.
2. @ChristopheAntoniewski Да, это возможно, позвольте мне набросать для вас новый код.
3. @ChristopheAntoniewski Я добавил небольшой новый код в заключительной части. Дайте мне знать, если это то, что вы ищете.