Блог

Я могу прочитать файл .fna и выполнить поиск нужного мне шаблона. Но после того, как я прочитал файл, он читает его построчно, а не целиком. Как я могу извлечь файл .fna и сохранить как переменную в программировании на C? Ниже приведен мой код и результат, который я получаю:

 #include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#define MAXCHAR 70000

void search(char* pattern, char* text)
{

    int M = strlen(pattern);
    int N = strlen(text);

    for (int x = 0; x <= N - M; x  ) {
        int y;

        for (y = 0; y < M; y  )
            if (text[x   y] != pattern[y])
                break;

        if (y == M)
        {
            printf("Found pattern at position %d n", x 1);
        }
    }}

int main()
{

    FILE *fp;
    char str[MAXCHAR];
    char pattern[] = "GTTCTTT";
    char* filename = "D:\Desktop\NC_007409.fna";
    fp = fopen(filename, "r");

    if (fp == NULL){
        printf("Could not open file %s",filename);
        return 1;
    }

    while (fgets(str, MAXCHAR, fp) != NULL)
        search(pattern, str);
        return 0;
}
  

Результат, который я получил

Вы можете получить содержимое файла в виде массива байтов двумя способами:

Выделить массив вручную (простой способ)

1. Получить размер файла;
2. Выделите память для содержимого файла, используя размер файла;
3. Считывает все содержимое в файл в выделенной памяти.

Использование сопоставления файлов (расширенный способ)

Преимущество сопоставления файла с памятью заключается в повышении производительности ввода-вывода, особенно при использовании с большими файлами. Для небольших файлов файлы с отображением в памяти могут привести к потере свободного места, поскольку карты памяти всегда выровнены по размеру страницы, который в основном составляет 4 КБ.

• Файл с отображением в памяти (Википедия)
• Сопоставление файлов (Microsoft Docs)