Блог

Я написал скрипт bash, который:

1. Циклы для некоторых файлов dcd в рабочем каталоге
2. Создает скрипт python, который выполняет постобработку этих файлов и
3. Сохраняет некоторые результаты для каждого файла

 for dcd in ${workdir}/*.dcd; do
dcd_name2="$(basename "$dcd")"
dcd_name="${dcd_name2/.dcd/}"
# print a python script
printf " # 1-load dcd file
dcd = parseDCD('${dcd}')
# 2- do something with the dcd file
dcd.superpose() lala
# 3- Plotting results

import matplotlib.pyplot as plt

plt.figure(figsize=(9,8))
showFractVars(md_ensemble) 
plt.savefig( 'results_${dcd_name}.png' ) > ./my_python_script.py
python ./my_python_script.py
done
  

Теперь мне нужно изменить свой алгоритм, чтобы загружать все файлы DCD в одном скрипте циклическим способом, например, для 10 файлов dcd скрипт python должен выглядеть следующим образом

 dcd1 = parseDCD('${dcd1}')
dcd2 = parseDCD('${dcd2}')
dcd3 = parseDCD('${dcd3}')
# 2- do something with the dcd file
dcd1.superpose() lala
dcd2.superpose() lala
dcd3.superpose() lala
# 3- Plotting results

import matplotlib.pyplot as plt

plt.figure(figsize=(9,8))
showFractVars(dcd1, dcd2,dcd3) 
plt.savefig( 'results_${dcd_name}.png' )
  

Как следует изменить «цикл for» в моем первом скрипте bash для выполнения этой задачи?

Я думаю, что скрипт bash не нужен.

Я предлагаю вам использовать glob модуль python и написать один скрипт Python, который выполняет всю логику, которую вы хотите для данного рабочего каталога

Вот пример сценария, который я написал, это лучший способ, которым вы, вероятно, могли бы справиться с этой проблемой:

 # Imports
import argparse
import os
from glob import glob

# Third party imports
import matplotlib.pyplot as plt

# Constants
RESULT_NAME_TEPLATE = 'results_{file_name}.png'

def parse_dcd():

    # Your logic...
    pass

def handle_dcd_file(file_name):
    dcd = parse_dcd('${dcd}')

    # 2- do something with the dcd file
    dcd.superpose() 
    # 3- Plotting results

    plt.figure(figsize=(9,8))
    showFractVars(md_ensemble)
    plt.savefig(RESULT_NAME_TEPLATE.format(file_name=file_name))    

def main(input_directory):

    dcd_files = glob(os.path.join(input_directory, '*.dcd'))

    for file_name in dcd_files:
        print "Handling {file_name}".format(file_name=file_name)
        handle_dcd_file(file_name)

    print "Finished handling {} dcd files from '{}'".format(len(dcd_files), os.path.abspath(input_directory))


if __name__ == '__main__':
    parser = argparse.ArgumentParser(description="Your program description")
    parser.add_argument('input_directory', nargs='?', default='.')
    args = parser.parse_args()

    if not os.path.isdir(args.input_directory):
        parser.error("The input directory at '{}' does not exist!".format(args.input_directory))
    main(args.input_directory)
  

Пример использования:
скрипт принимает необязательный input_directory аргумент командной строки. Если ни один из них не указан, предполагается, что текущий каталог:

Текущий каталог python dcd_parser.py

Задан каталог python dcd_parser.py /home/user/example/dir