Блог

Главная - Вопросы по программированию - R параллельные вычисления и блестящий сервер с использованием Dockerfile

R параллельные вычисления и блестящий сервер с использованием Dockerfile

#r #docker #shiny #shiny-server

#r #docker #блестящий #блестящий сервер

Вопрос:

Мне нужна помощь в использовании параллельных вычислений и пакета future с shiny внутри контейнера Docker. Когда я вставляю свое приложение в shinyapps.io он работает нормально, но если я использую Docker, он выдает мне следующую ошибку журнала.

 [2019-04-22T19:49:24.320] [INFO] shiny-server - Shiny Server v1.5.7.890 (Node.js v8.10.0) [2019-04-22T19:49:24.325] [INFO] shiny-server - Using config file "/etc/shiny-server/shiny-server.conf" 
[2019-04-22T19:49:24.440] [INFO] shiny-server - Starting listener on 0.0.0.0:80
[2019-04-22T19:49:29.399] [INFO] shiny-server - Created bookmark state directory: /var/lib/shiny-server/bookmarks
[2019-04-22T19:49:29.401] [INFO] shiny-server - Created user bookmark state directory: /var/lib/shiny-server/bookmarks/shiny
[2019-04-22T19:50:30.486] [INFO] shiny-server - Error getting worker: Error: The application took too long to respond.
[2019-04-22T19:50:30.488] [INFO] shiny-server - Error getting worker: Error: The application took too long to respond.
[2019-04-22T19:50:30.489] [INFO] shiny-server - Error getting worker: Error: The application took too long to respond.

Мой Dockerfile использует R, блестящий сервер, соединение с Postgres и sqlite. Если я не использую future , он работает без ошибок.

 # Install R version 3.5
FROM r-base:3.5.1

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update amp;amp; apt-get install -y 
    sudo 
    gdebi-core 
    pandoc 
    pandoc-citeproc 
    libcurl4-gnutls-dev 
    libcairo2-dev/unstable 
    libxt-dev 
    libssl-dev 
    libpq-dev


# Download and install ShinyServer (latest version)
RUN wget --no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" amp;amp; 
    VERSION=$(cat version.txt)  amp;amp; 
    wget --no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb amp;amp; 
    gdebi -n ss-latest.deb amp;amp; 
    rm -f version.txt ss-latest.deb


# Install SQLite
RUN apt-get update amp;amp; 
    DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -yq install sqlite3 amp;amp; 
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*


# Install R packages that are required
# TODO: add further package if you need!
RUN R -e "install.packages(c('RSQLite', 'RPostgres', 'readxl', 'dplyr', 'lubridate', 'DT', 'billboarder', 'shiny', 'future'), repos='http://cran.rstudio.com/')"


# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /app /srv/shiny-server/


# Give permission of READWRITE for the SQLite database
RUN chmod a rw /srv/shiny-server/db/ /srv/shiny-server/db/*


# Make the ShinyApp available at port 80
EXPOSE 80


# Copy further configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh


CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

Для примера приложения я попробовал загрузить глобальный файл.R shiny и future и выполнить что-то вроде 

 library(shiny)
library(future)

plan(multiprocess) 
future({print(1)})

с минимальным ui.R (как FluidPage() ) и server.R (как server <- function(input, output) {} ). Держу пари, что я использую среду Windows 7, и это вызывает путаницу в multiprocess , если это так, я могу просто отправить приложение в my IT прямо сейчас, чтобы они развернули его на сервере Linux, или в нем отсутствует библиотека Linux или что-то в этом роде, чего я пока не смог выяснить. Заранее благодарю вас.