#java #conda #nextflow
#java #conda #nextflow
Вопрос:
Я загрузил программное обеспечение Java под названием «beagle» через conda (java-jdk и java уже были установлены). Когда я запускаю конвейер Nextflow (NF) (программное обеспечение используется в процессе NF), он говорит:
не удается получить доступ к jarfile beagle.24Aug19.3e8.jar
Я активировал conda env, проверил местоположение программного обеспечения, оно находится в
<conda_env>/share/beagle-5.1_24Aug19.3e8-0/beagle.jar
и пример использования такой:
java -jar beagle.24Aug19.3e8.jar
Итак, моя команда верна.. Я перепробовал все комбинации в процессе NF, такие как:
- java -jar /share/beagle-5.1_24Aug19.3e8-0/beagle.jar
- java -jar beagle.24Aug19.3e8.jar
- java -jar beagle.jar
- java -jar / share /beagle-5.1_24Aug19.3e8-0 / бигль.24Aug19.3e8.jar
Чего мне не хватает? Почему он недоступен? Спасибо!
Приветствия,
Ответ №1:
Хорошо, я решил это, но забыл обновить здесь. На самом деле в руководстве по инструменту говорится, что использование программного обеспечения должно быть с:
java -jar beagle.jar
это работало только с командой «beagle«. Не удалял сообщение, поскольку оно может быть полезно для smb else.
Приветствия,
Комментарии:
1. Conda ENV предоставляет удобную оболочку для JAR. Если вы используете его, вам не нужно указывать полный путь к JAR или пытаться локализовать его в объявлении вашего процесса. «Невозможно получить доступ к jarfile» — это, по сути, ошибка «файл не найден». HTH.
2. Привет, Стив! Спасибо, да, это тоже помогает.