#r #cluster-analysis
#r #кластерный анализ
Вопрос:
Я пытаюсь провести кластерный анализ, который требует от меня масштабирования / стандартизации моих данных. Данные находятся в матрице и являются числовыми, однако я получаю только следующее сообщение:
Error in colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric
Изначально был столбец, содержащий категориальные данные, поэтому я удалил его, думая, что это решит проблему, но я все равно получил ошибку.
Ниже приведены фрагменты сценария и 6 строк данных. Любая помощь была бы высоко оценена.
Metals <- as.matrix(d)
rownames(Metals)<-d$RowLabs
cols_to_keep <-c(FALSE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE)
Metals<-Metals[,cols_to_keep]
head(Metals)
X88Sr_umol_molCa X25Mg_umol_molCa X55Mn_umol_molCa X7Li_umol_molCa
CHR1 "1748.3722" " 80.284613" " 1.353754e-01" " 3.2146056"
CLR2 "1763.6984" " 104.850260" " 4.944963e-01" " 0.2649073"
CLR3 "2245.8861" " 186.579911" " 2.124642e-01" " 1.0715352"
CLR4 "1654.9811" " 124.502777" " 4.756491e-01" " 0.2252010"
CLR5 "1447.3079" " 183.703436" " 4.734605e-01" " 2.8409970"
CLR6 "1731.3718" " 170.511088" " 1.728970e-01" " 2.5984728"
X138Ba_umol_molCa
CHR1 " 1.3426978"
CLR2 "10.3955650"
CLR3 "12.8552971"
CLR4 "12.3339241"
CLR5 " 0.9453284"
CLR6 " 2.1714244"
d <- scale(Metals)
head(Metals)
Ошибка в colMeans(x, na.rm = TRUE): ‘x’ должен быть числовым
Комментарии:
1. Привет, Анжела! Из 6 строк данных, которые вы предоставляете, похоже, что ваши числа интерпретируются как символы R (потому что они заключены в кавычки — «»). Возможно, именно поэтому появляется ошибка. Вы можете преобразовать эти числа, применив функцию as.double().
2. Кроме того. В следующий раз, когда вы обратитесь за помощью, пожалуйста, используйте функцию dput() для вашего объекта «d», чтобы обеспечить надлежащий способ воспроизведения ваших данных. 6 строк данных, которые вы предоставляете, не очень помогают нам решить вашу проблему.
3. Спасибо за вашу помощь, Педро. Я не уверен, почему они в кавычках. Как мне их удалить?
4. Я просто редактирую прошлый комментарий. Вы можете использовать функцию as.double() для вашего объекта «d», которая, вероятно, работает.
5. Спасибо, что также сообщили мне о функции dput(). Как именно это будет выглядеть? Не могли бы вы, пожалуйста, показать мне код, который я предоставил?
Ответ №1:
Ваши данные кажутся символами. Что class(Metals) возвращает?
Преобразуйте данные в числовые, а затем попробуйте scale функцию :
Metals[] <- as.numeric(Metals)
d <- scale(Metals)
Ответ №2:
Таблица неправильно прочитана, вы можете видеть, что, например, в столбце «X25Mg_umol_molCa» ваши записи являются строками и имеют начальный пробел, например, «80.284613».
Скорее всего, в вашем файле есть некоторые записи, из-за которых он читается именно так, а не в виде числового столбца. Я думаю, что первое, что вы должны попытаться сделать, это использовать, например:
df = read.table(<file>,header=TRUE,sep="t")
str(df)
И посмотрите, являются ли столбцы теперь числовыми.
С вашими текущими несколькими строками мы можем что-то сделать, чтобы удалить пробелы, надеюсь, это решит проблему:
df = structure(c("1748.3722", "1763.6984", "2245.8861", "1654.9811",
"1447.3079", "1731.3718", " 80.284613", " 104.85026", " 186.579911",
" 124.502777", " 183.703436", " 170.511088", " 1.353754e-01",
" 4.944963e-01", " 2.124642e-01", " 4.756491e-01", " 4.734605e-01",
" 1.728970e-01", " 3.2146056", " 0.2649073", " 1.0715352",
" 0.2252010", " 2.8409970", " 2.5984728", " 1.3426978",
"10.3955650", "12.8552971", "12.3339241", " 0.9453284", " 2.1714244"
), .Dim = 6:5, .Dimnames = list(NULL, c("X88Sr_umol_molCa", "X25Mg_umol_molCa",
"X55Mn_umol_molCa", "X7Li_umol_molCa", "X138Ba_umol_molCa")))
df
X88Sr_umol_molCa X25Mg_umol_molCa X55Mn_umol_molCa X7Li_umol_molCa
[1,] "1748.3722" " 80.284613" " 1.353754e-01" " 3.2146056"
[2,] "1763.6984" " 104.85026" " 4.944963e-01" " 0.2649073"
[3,] "2245.8861" " 186.579911" " 2.124642e-01" " 1.0715352"
[4,] "1654.9811" " 124.502777" " 4.756491e-01" " 0.2252010"
[5,] "1447.3079" " 183.703436" " 4.734605e-01" " 2.8409970"
[6,] "1731.3718" " 170.511088" " 1.728970e-01" " 2.5984728"
X138Ba_umol_molCa
[1,] " 1.3426978"
[2,] "10.3955650"
[3,] "12.8552971"
[4,] "12.3339241"
[5,] " 0.9453284"
[6,] " 2.1714244"
df = apply(gsub(" ","",df),2,as.numeric)
scale(df)
X88Sr_umol_molCa X25Mg_umol_molCa X55Mn_umol_molCa X7Li_umol_molCa
[1,] -0.064262779 -1.3718203 -1.1268227 1.1249317
[2,] -0.005975399 -0.8234489 0.9806457 -1.0696716
[3,] 1.827842350 1.0009771 -0.6744341 -0.4695329
[4,] -0.419440351 -0.3847518 0.8700426 -1.0992135
[5,] -1.209246479 0.9367664 0.8571990 0.8469633
[6,] -0.128917342 0.6422776 -0.9066306 0.6665231
X138Ba_umol_molCa
[1,] -0.9263654
[2,] 0.6466464
[3,] 1.0740455
[4,] 0.9834525
[5,] -0.9954117
[6,] -0.7823672
attr(,"scaled:center")
X88Sr_umol_molCa X25Mg_umol_molCa X55Mn_umol_molCa X7Li_umol_molCa
1765.2695833 141.7386808 0.3273904 1.7026198
X138Ba_umol_molCa
6.6740395
attr(,"scaled:scale")
X88Sr_umol_molCa X25Mg_umol_molCa X55Mn_umol_molCa X7Li_umol_molCa
262.9419965 44.7974607 0.1704039 1.3440690
X138Ba_umol_molCa
5.7551172
Ответ №3:
Матрицы в R представляют собой векторы с 2 измерениями, поэтому, применяя непосредственно функцию as.double(), вы сможете преобразовать свои данные, находящиеся внутри вашей матрицы, в числовые значения.
d <- as.double(d)
Посмотрим, сработает ли это.
Комментарии:
1. возвращенный класс (металлы): [1] «матрица», «массив»
2. Это изменение в исходном сценарии решило проблему: Металлы <- as.matrix(d[,-1]) имена строк(Металлы)<-d$RowLabs head(металлы)