#r
#r
Вопрос:
В настоящее время я работаю над серией данных omics и заинтересовался R пакетом OmicsPLS. Он может рассчитать стандартную модель o2m с помощью функции «o2m» и построить график загрузки в таком стиле (фотографии из Интернета):
но, похоже, для получения значений s_plot и общей и уникальной структуры-графика (SUS-plot) потребуются значения p1 (смоделированная ковариация компонента # 1) и p (corr) 1 (смоделированная корреляция). Мой вопрос в том, возможно ли вычислить эти значения с помощью стандартной модели o2m? Или я должен использовать другие пакеты для этого? Любые мнения будут высоко оценены.
############################### редактировать #################################
Вот пример кода, который я использую из r package:
test_X <- scale(matrix(rnorm(100*10),100,10))
test_Y <- scale(matrix(rnorm(100*11),100,11))
fit <- o2m(test_X, test_Y, 3, 2, 1)
И результатом подгонки является стандартная модель o2m (т. Е. большой список). Мой вопрос в том, как использовать этот список для вычисления значений p1 и p (corr) 1, чтобы получить эти графики.
Комментарии:
1. Я немного растерялся.. Итак, у вас возникли проблемы с пакетом или у вас есть какие-то результаты от использования пакета и возникают проблемы с созданием этих графиков? Можете ли вы поделиться примером с некоторым кодом, дающим контекст того, чего вы хотите достичь
2. Спасибо за ответ, позвольте мне добавить некоторый код ниже. На самом деле у меня сейчас нет проблем с самим пакетом, но возникли проблемы с получением значений p1 и p (corr) 1 для создания этих графиков.