#bioinformatics #scientific-computing #protein-database #scientific-software
#биоинформатика #научные вычисления #белок-база данных #научно-программное обеспечение
Вопрос:
извлеките данные привязки PDB
Я хочу извлечь координаты остатка и гетатома в файлах PDB и оценить, каковы контактные остатки.
Затем я хочу сравнить эти остатки с выравниваниями. Если эти остатки сохранены в alignmet, выделите эти остатки звездочкой. Причины для этого в том, что у меня есть 15 000 строк начальных «попаданий» в выравнивание «многие против многих».
Может ли кто-нибудь указать мне правильное направление при чтении для этого?
Комментарии:
1. Вы можете сделать это, используя большинство языков по вашему выбору, но я не знаю ни одного инструмента, который делает это сам по себе. Вы, конечно, можете написать скрипт на Python, R или Perl, который сделает это, прочитав файл PDB, сравнив данные с вашими 15 000 строками, проверив, сохранены ли они, а затем добавив «звездочку» к наблюдениям, которые попали
2. Большое вам спасибо; да, я намерен начать писать сценарий для этого; у Дрездена есть PLIP, который делает это очень хорошо: projects.biotec.tu-dresden.de Этот экран для всего протеома довольно мощный, я надеюсь подключить его к Сети с помощью приятного пользовательского интерфейса
3. В зависимости от того, сколько обработки это требует, загляните в
shinyфреймворк R. Очень легко развертывать веб-приложения с помощью shiny 🙂