Блог

Я пытаюсь преобразовать последовательность белка в ДНК и понятия не имею, как это сделать. Я видел довольно много примеров о том, как решить для ДНК в белок, но не для обратного.

     "AAA":"K", "AAC":"N", "ACA":"T", "AGA":"R", "AGC":"S",            
    "AUA":"I", "AUG":"M", "CAA":"Q", "CAC":"H", "CCA":"P",
    "CUA":"L", "GAA":"E", "GAC":"D", "GCA":"A", "GGA":"G",
    "GUA":"V", "UAC":"Y", "UGC":"C", "UGG":"W", "UUC":"F"
  

Я хочу преобразовать последовательность белка в соответствующий ей кодон.

 def translate(seq): 
    table = { 
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
        'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
        'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',                  
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
        'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
        'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
        'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
        'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
        'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 
        'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W', 
    } 
    protein ="" 
    if len(seq)%3 == 0: 
        for i in range(0, len(seq), 3): 
            codon = seq[i:i   3] 
            protein = table[codon] 
    return protein

  

Приведенный выше код предназначен для перевода ДНК в белок, мне нужно обратное.

Любая помощь будет оценена.

Спасибо

Используйте Biopython для обработки последовательностей. back_transcribe Функция перейдет из белка в РНК, а РНК в ДНК просто заменит урацил (U) на тимин (T).