Блог

Главная - Вопросы по программированию - Ошибка в Ubuntu Linux при запуске check_rhub из-за библиотеки XML

Ошибка в Ubuntu Linux при запуске check_rhub из-за библиотеки XML

#r

#r

Вопрос:

Я работаю над отправкой обновления в пакет R, который находится в CRAN ( ibmAcousticR ). Текущая версия CRAN имеет XML в качестве импорта версию 3.99-0.3. Первоначально я разработал пакет, работающий с R 3.6.

Теперь я работаю с R 4.0. Тем не менее, нет причин, по которым зависимость R должна была измениться. Однако при запуске devtools::check_rhub() я получил ошибку с Ubuntu Linux (во всех других проверках было 0 ошибок / 0 предупреждений / 0 заметок). Эта ошибка была связана с установкой XML пакета.

Я пробовал разные способы исправить это: изменить требование R на 4.0 , переходя вверх и вниз по XML версии. Текущая версия XML rqeuires 4.0.

Это некоторая предыстория. Я действительно не понимаю проблему. Я покажу ошибки ниже и как они меняются в зависимости от того, что я пытаюсь. Когда я говорю, что пробую разные вещи, я имею в виду изменение минимальных требований к R и пакету в ОПИСАНИИ.

Если я использую исходную спецификацию, XML установка завершается неудачей. Если я обновлюсь до R 4.0, по какой-то причине Ubuntu все еще использует R 3.6.

R 3.6, XML 3.99-0.3 (спецификация из оригинального пакета)

 #> Skipping 1 packages not available: XML
#> Installing 9 packages: askpass, sys, curl, jsonlite, mime, openssl, R6, httr, XML
#> ERROR: dependency ‘XML’ is not available for package ‘ibmAcousticR’
#> * removing ‘/home/docker/R/ibmAcousticR’
#> Warning messages:
#> 1: package ‘XML’ is not available (for R version 3.6.1)

R 4.0, XML 3.99-0.5

 #> Skipping 1 packages not available: XML
#> Installing 9 packages: askpass, sys, curl, jsonlite, mime, openssl, R6, httr, XML
#> ERROR: this R is version 3.6.1, package 'ibmAcousticR' requires R >= 4.0.0
#> Warning messages:
#> 1: package ‘XML’ is not available (for R version 3.6.1)

Комментарии:

1. Итак, какие параметры вы передаете devtools::check_rhub() именно для получения этих разных результатов? Что меняется?

2. Нет. Я редактирую ОПИСАНИЕ. Отредактировал мой вопрос, чтобы уточнить.

3. Возможно, вам следует попытаться замедлиться и выполнять действия по одному шагу за раз. XML в CRAN требует R 4.0.*. Многие из нас запускают R 4.0.* в Ubuntu через CRAN-зеркало репозитория Rutter . Может быть, сначала просто разобраться с R 4.0.2 в Ubuntu, чтобы они справились с этим? (В качестве помощника у нас также есть двоичные файлы, такие как r-cran-xml …) Множество других связанных вопросов здесь вы можете найти по всему этому.

4. Это было полезно @DirkEddelbuettel. Я не пытаюсь разрабатывать в Ubuntu, поэтому я не смог там устранить неполадки. Но я сделал шаг назад и еще раз подумал о проблеме тестирования Ubuntu на R 3.6.1, когда у меня не было проблем с зависимостью пакета от R 4.0. Я обнаружил, что могу использовать rhub::check и ссылаться на Ubuntu development R, а не devtools::check_rhub . Затем это прошло.

Ответ №1:

Я решил это, используя rhub::check и ссылаясь на ubuntu development R, а не devtools::check_rhub, который запускал проверку Ubuntu с помощью R 3.6.1.