Блог

Главная - Вопросы по программированию - Я получаю ошибку «неиспользуемый аргумент», когда пытаюсь воспроизвести пример боя из пакета sva в R

Я получаю ошибку «неиспользуемый аргумент», когда пытаюсь воспроизвести пример боя из пакета sva в R

#r

#r

Вопрос:

Я пытаюсь выполнить пакетную коррекцию, используя ComBat из пакета sva в R. Я в основном попробовал примеры, используемые в документации sva, из данных «bladderbatch»:

 library(sva)
library(bladderbatch)
data(bladderdata)
library(pamr)
library(limma)
pheno=pData(bladderEset)
edata=exprs(bladderEset)
batch=pheno$batch
modcombat=model.matrix(~1, data=pheno)
combat.edata=ComBat(dat=edata, batch=batch, mod=modcombat, par.prior=TRUE, prior.plots=FALSE)

Однако я получаю ошибку неиспользуемых аргументов:

 Error in ComBat(dat = edata, batch = batch, mod = modcombat, par.prior = TRUE,  : 
  unused arguments (dat = edata, batch = batch, mod = modcombat)

Я был бы благодарен за любую помощь относительно того, где я ошибаюсь.

Спасибо.

Комментарии:

1. в конце концов biostars.org/p/209901

2. Я не могу воспроизвести эту ошибку в R 4.0.0, packageVersion('sva') #[1] ‘3.36.0’ и packageVersion('bladderbatch') #[1] ‘1.26.0’ . Я скопировал тот же код, что и в вашем сообщении.

3. Привет, Ронак, спасибо тебе за это. Я думаю, что что-то из моего рабочего пространства мешало. Я попробовал еще раз, очистив свое рабочее пространство, и это сработало!