Блог

Кто-нибудь знает, как выбрать все ребра между двумя выбранными узлами в cytoscape с помощью GUI?

Это было бы легко сделать вручную, если бы это была небольшая сеть, но в моем случае насчитывается более 10 тысяч узлов. В идеале я хочу выбрать все ребра, которые находятся между списком из 70 узлов.

Спасибо.

Что ж, к моему большому удивлению, ответ «нет», я не знаю простого способа выбрать ребра, соединяющие два узла. У меня есть «хакерский» способ сделать это, который сработал бы, хотя:

1. Выберите все нужные узлы
2. Сделайте Файл-> Новая сеть-> из выбранных узлов, все ребра. Это даст вам новую сеть только с выбранными узлами и ребрами, которые их соединяют. Теперь измените столбец «совместное взаимодействие» для всех этих ребер на что-то уникальное (например, Select). Этот столбец является общим для созданной вами подсети и исходной сети.
3. Теперь, вернувшись в исходную сеть, вы можете использовать панель фильтров для создания фильтра столбцов, ищущего все ребра с общим взаимодействием «Выбрать». Затем они будут выбраны.

Возможно, это намного сложнее, чем вам хотелось бы, но это сделает свою работу. Я бы также рекомендовал добавить запрос функции (Справка-> Сообщить об ошибке) для выбора ребер, соединяющих выбранные узлы.