#awk #sed #grep
#awk #sed #grep
Вопрос:
У меня есть несколько файлов fasta, и каждый файл с 8 заголовками всегда в одном и том же порядке (с точки зрения видов). Например, это похоже
grep -o -E "^>w " batch1.seq
jgi
jgi
augustus_masked
augustus_masked
augustus_masked
jgi
augustus_masked
augustus_masked
и
grep -o -E "^>w " batch2.seq
дает
jgi
jgi
maker
maker
maker
jgi
maker
maker
Независимо от их заголовков, я хочу переименовать все заголовки fasta (всего 8) для файлов в папке в
Ara
Soy
Gly
Tom
Whe
Cor
Nat
Blu
Ответ №1:
awk спешим на помощь!
awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next}
/^>/{$1=">"names[ c]}1' names fasta > fasta.new
сохраняйте свой новый список заголовков в файле names при использовании скрипта.