Блог

Я часто создаю определенные файлы sweave для проведения анализа и создания PDF-документов, однако иногда я хочу взять существующий файл R-скрипта и запустить его, одновременно создавая PDF-файл команд и выходных данных вместе. Я знаю, что есть команда tangle, которая извлекает команды R из файла rnw sweave для создания R-скрипта, но я хочу обратного.

Редактировать: Я рассматривал возможность создания файла sweave, который просто является исходным кодом моего R-скрипта, но мне нужно было бы каждый раз редактировать файл sweave, и это не очень хорошо справлялось бы с графиками.

итак, для примера R-скрипта, подобного этому (псевдокод, может не выполняться)

 head(mcars)
1 1
x<-3
describe(mcars)
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p   geom_point() 
print(p)
  

Это сгенерировало бы

 <<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(head(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, include=TRUE>>=
1 1
x<-3
@ 
<<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(describe(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, fig=TRUE, include=TRUE>>= 
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p   geom_point() 
print(p)
@ 
  

Кто-нибудь это делал?

У меня есть пакет с именем knitr в стадии разработки, который может подойти вам, но я должен предупредить вас, что он все еще находится на ранней стадии разработки, поэтому могут существовать ошибки. Прочитайте раздел о ссылках на код в неполном руководстве https://github.com/downloads/yihui/knitr/knitr-manual.pdf

По сути, вы пишете пустой фрагмент в Sweave, например

 <<my-chunk-label>>=
@
  

и вы используете ту же метку во внешнем R-скрипте (например, foo.R )

 ## @knitr my-chunk-label
1   1; x <- 3
  

Опция chunk ref используется для указания пути к скрипту (например, ref=foo.R ); knitr будет считывать R-скрипт и сопоставлять метки с документом Rnw.

Нет, но создать его не так уж сложно source(file, echo=TRUE) . С использованием приведенных ниже функций следующая функция создает файл LaTeX. Попробуйте!

 latexR("code.R")
  

Я попробовал это со следующим code.R файлом:

 c("hi",
  "there")
1 1
a <- 5
plot(1:a) # a plot
# hi there
data.frame(a=1:5, b=LETTERS[1:5])
  

Ниже приведены функции. latex Метод S3 — это способ заставить его выводить специальное форматирование LaTeX для данного типа объекта, в противном случае он просто выводит вывод дословно. Он также устанавливает графическое устройство по умолчанию для сохранения в pdf и вывода имени файла.

 latex <- function(obj) {
  UseMethod("latex")
}
latex.data.frame <- function(obj) {
  print(xtable(obj), floating=FALSE)
}
latex.default <- function(obj) {
  cat("\begin{Soutput}n")
  if (isS4(obj)) 
    methods::show(obj)
  else print(obj)
  cat("\end{Soutput}n")
}

fig <- function(...) {
  i <<- i 1
  n <- paste(nam, formatC(i, width=3, flag="0"), sep="-")
  f <- paste(n, "pdf", sep=".")
  cat("\includegraphics{", n, "}n",sep="")
  pdf(file=f, ...)
}

stopfig <- function() { if(dev.cur()!=1) dev.off() }

latexR <- function(file, base=sub(".R","", file)) {
  eval.with.vis <- function(expr, envir = parent.frame(), enclos = if (is.list(envir) ||
                         is.pairlist(envir)) parent.frame() else baseenv())
    .Internal(eval.with.vis(expr, envir, enclos))  
  on.exit(sink())
  sink(paste(base,"tex",sep="."))
  cat("\documentclass{article}n\usepackage{Sweave}n\begin{document}n") 
  environment(fig) <- list2env(list(i=0, nam=base))
  options(device=fig)
  exprs <- parse(file)
  srcrefs <- attr(exprs,"srcref")
  lastshown <- 0
  for(i in seq_along(exprs)) {
    srcref <- srcrefs[[i]]
    dep <- getSrcLines(attr(srcref, "srcfile"), lastshown 1, srcref[3L])
    lastshown <- srcref[3L]
    cat("\begin{Sinput}n", paste(dep, collapse="n"), "n\end{Sinput}n", sep="")
    yy <- eval.with.vis(exprs[i])    
    stopfig()
    if(yy$visible) latex(yy$value)
  }
  cat("\end{document}")
}