Блог

Главная - Вопросы по программированию - Есть ли R-код, установленный для использования PubMed ID или DOI для получения файлов данных для этой статьи, пожалуйста?

Есть ли R-код, установленный для использования PubMed ID или DOI для получения файлов данных для этой статьи, пожалуйста?

#r #data-files #ncbi #pubmed #doi

#r #файлы данных #ncbi #pubmed #doi

Вопрос:

Я пытаюсь получить имена файлов данных из NCBI или PubMed, которые связаны или прикреплены к сотням уникальных DOI или PMID на языке R. Например. У меня есть PMID: 19122651, и я хочу получить имена трех подключенных к нему GSE, а именно: GSE12781, GSE12782 и GSE12783. Я безуспешно искал различные источники и пакеты.
Ценю вашу помощь.

Ответ №1:

Вы можете сделать это с помощью пакета rentrez.

Требуемая функция — entrez_link.

Пример:

 library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

3 результата — это идентификаторы для связанных записей набора географических данных. Вы можете преобразовать их в GSE accessions с помощью entrez_summary .

Вот несколько уродливый sapply , который может послужить основой для функции:

 sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"

Комментарии:

1. Это потрясающе! Большое вам спасибо. Я ломал голову и рыскал по Интернету, и ни один не был таким простым или прямолинейным! Очень ценю ваше время и помощь.

2. Нет проблем. rentrez отличный пакет, с которым стоит познакомиться. Пожалуйста, примите ответ, если он решил проблему.

3. @neilfws: у вас опечатка в последней строке кода с sapply ? это выдает ошибку с result$links$pubmed_gds и, вероятно, так и должно было быть results$links$pubmed_gds ?

Ответ №2:

Вы можете запросить NCBI через rentrez пакет, как описано здесь . Функция entrez_link() должна уметь находить перекрестные ссылки