Тепловая карта в r с geom_raster

#r #ggplot2 #geom-raster

#r #ggplot2 #геометрический растр

Вопрос:

Я пытаюсь построить тепловую карту на основе данных с тремя переменными. Я использую ggplot с geom_raster, но, похоже, он не работает. Я не могу понять, что происходит не так.

 library(tidyverse)

p <- read.csv("Rheatmaptest.csv", header = TRUE);
p

      xdir   ydir Category.1 Category.2 Category.3 Category.4
1  -10.731 10.153    0.61975     3.2650    0.19025      13.00
2  -21.462  9.847    1.77000     3.2475    0.56325      16.70
3  -32.193  9.847    1.65500     2.9900    0.51325     176.00
4  -42.924 10.000    1.34500     3.1800    0.41350     177.00
5  -16.770 20.000    0.69600     3.4975    0.22150     174.00
6  -33.541 20.000    0.68700     3.4275    0.20250       4.24
7  -50.311 20.000    0.77350     3.1575    0.24250     177.00
8  -67.082 20.000    1.09600     3.5350    0.34600     163.00
9  -18.689 30.000    0.54250     3.5875    0.18100     160.00
10 -37.378 30.000    0.63075     3.7125    0.19300     158.00
11 -56.067 30.000    0.71975     3.5425    0.22225       2.26
12 -74.756 30.000    0.79100     3.3750    0.23000       8.24
13 -20.000 40.000    0.76650     3.7200    0.24375     167.00
14 -40.000 40.000    0.68325     3.5300    0.21350     155.00
15 -60.000 40.000    0.81075     3.3400    0.25325     145.00
16 -80.000 40.000    0.68800     3.6375    0.21350     146.00
17 -19.521 50.000    0.67900     3.7150    0.21700     167.00
18 -39.043 50.000    0.69500     3.7950    0.21225     109.00
19 -58.564 49.847    0.68300     3.5575    0.20700     166.00
20 -78.085 50.000    0.67375     3.5325    0.21975     163.00
21 -17.562 60.000    0.64350     3.7025    0.19475     140.00
22 -35.585 60.000    0.56650     3.5250    0.17775      34.30
23 -54.067 60.000    0.82350     3.7700    0.24525     129.00
24 -72.090 60.000    0.85450     3.6675    0.28225     156.00
25 -15.522 70.000    0.59100     3.3475    0.18875     144.00
26 -31.044 69.847    0.56200     3.7975    0.17250     159.00
27 -46.566 70.000    0.79375     3.5350    0.24975     145.00
28 -62.088 70.000    0.64275     3.6100    0.20375     132.00
29 -11.040 80.000    0.75875     3.7450    0.23925     138.00
30 -22.081 80.000    0.81900     3.3875    0.25975     144.00
31 -33.121 80.000    0.72725     3.5825    0.22175     132.00
32 -44.161 80.000    0.83300     3.5550    0.27000     177.00
33  -4.522 90.000    1.77500     3.1250    0.57200      16.30
34  -9.440 90.000    0.96925     3.7200    0.31000     163.00
35 -13.106 90.000    0.76975     3.6600    0.23800       3.50
36 -18.089 90.000    0.86050     3.6750    0.26650      80.50

 ggplot(p, aes(x = xdir, y = ydir))  
    geom_raster(aes(fill = Category.1), interpolate = TRUE)  
    scale_fill_gradient2(limits=c(0.5,2), low="blue", mid="yellow", high="red", midpoint=1)

Я могу видеть точки, когда использую geom_point вместо geom_raster. Даже с geom_raster я просто вижу очень крошечные точки в соответствующих местоположениях. Интерполяция, похоже, не работает.

Я что-то упускаю?

График с geom_raster

1. Учитывая диапазон ваших столбцов xdir и ydir и количество наблюдений в вашем фрейме данных, кажется, что ваши данные слишком разрежены, чтобы создать надлежащую тепловую карту. Здесь я искусственно уменьшил масштаб, превратив эти столбцы в целые числа и разделив на 10, рассмотрим, что это делает с тепловой картой: p %>% mutate(x = as.integer(xdir/10), y = as.integer(ydir/10)) %>% ggplot( aes(x, y)) geom_raster(aes(fill = Category.1)) . Обратите внимание, что интерполяция не заполняет пустое пространство между точками данных.

2. @tifu Спасибо за разъяснение. Это помогает!

Ответ №1:

Подразумеваемая точность ваших данных приводит к тому, что ваши растры отображаются настолько маленькими, что они едва видны.

Уменьшая точность, вы можете, по крайней мере, видеть свой растровый график, хотя это все еще, вероятно, не очень полезно. Публикуя это, я вижу, что пришел к тому же решению, что и @tifu.

 db %>%
 ggplot(aes(x = round(xdir/2), y = round(ydir), fill = Category.1))  
 geom_raster(aes(fill = Category.1))  
 scale_fill_gradient2(limits=c(0.5,2), low="blue", mid="yellow", high="red", midpoint=1)