Блог

Я провожу анализ данных изображения, выполняя отслеживание волокна с использованием FSL probtrackx2. Однако я сталкиваюсь со следующим сообщением об ошибке:

ошибка: inv (): матрица выглядит сингулярной

libc abi.dylib: завершение с неперехваченным исключением типа std::runtime_error: inv(): матрица, похоже, в единственном числе Ошибка прерывания: 6

Поскольку это, похоже, не обязательно связано конкретно с FSL, кто-нибудь может объяснить, что это значит? Не уверен, что предоставленной мной информации достаточно, при необходимости я могу объяснить более подробно

У меня та же проблема. Причиной этого является несоответствие информации о заголовке ROI и информации о заголовке изображения, особенно Qform.

Спасибо, Саад, что указал на ошибку!

Это может быть исправлено следующим скриптом:

 #!/bin/bash
ROI=$1
target=$2 # raw image/ standard image/T1 image, depend on where roi came from.
result_path=$3
# this script is for probtrackx2_gpu, for every roi feed into probtrack2 should have the same qform/sform as raw image or standard image.
mkdir -p $result_path
ROI_name0=`basename $ROI`
ROI_name=${ROI_name0%.nii.gz}
target_name0=`basename $target`
target_name=${target_name0%.nii.gz}
ROI_checked=$result_path/${ROI_name}_hdchecked.nii.gz
cp $ROI $ROI_checked
fslhd_ROI=$result_path/${ROI_name}.fslhd.txt
fslhd_target=$result_path/${target_name}.fslhd.txt
if [ -f $fslhd_target ]; then
        echo $target_name fslhd file exist!
else
        fslhd $target>$fslhd_target
        echo $target_name fslhd file generated.
fi
if [ -f $fslhd_ROI ]; then
        echo $ROI_name fslhd file exist!
else
        fslhd $ROI>$fslhd_ROI
        echo $ROI_name fslhd file generated.
fi
diff $fslhd_target $fslhd_ROI > $result_path/${ROI_name}_${target_name}.diff.txt
ROI_target_diff=`grep -Fxvf $fslhd_target $fslhd_ROI`
if [[ $ROI_target_diff == *"qform"* ]] || [[ $ROI_target_diff == *"sform"* ]] ; then
        echo $ROI and $target are different in qform or sform!
        fslcpgeom $target $ROI_checked -d
        echo copy geom information qform/sform from $target .
fi
echo please use $ROI_checked in probtrackx2.