Блог

Я работаю с пакетом ‘indicspecies’ — функция multipatt и не могу извлечь итоговые значения пакета. К сожалению, я не могу распечатать всю сводку и остаюсь с беспристрастной информацией для моей модели. Причина в огромном объеме данных, которые необходимо распечатать из сводки (300 000 различных видов, 3 группы, 6 сопоставимых комбинаций).

Это то, что происходит при сохранении сводки (включая предварительный код).:

 x <- multipatt(data, ...) 

sumx <-summary(x)

sumx 
  

NULL

 str(sumx) 
  

NULL

Таким образом, сводка не работает точно так же, как общая сводка. Похоже, что функция основана на более старой функции indval из пакета ‘labdsv’ (которая упоминается в документации). Я нашел архивную ветку, где обсуждается аналогичная проблема: http://r.789695.n4.nabble.com/extract-values-from-summary-of-function-indval-of-the-package-labdsv-td4637466.html

но, похоже, это не решено (и это не совсем та же функция, скорее базовая функция indval).

Мне было интересно, есть ли у кого-нибудь опыт работы с пакетом indicspecies и знает ли он способ извлечь информацию из сводки.

Можно извлечь значение и другую информацию из других сохраненных данных модели, но было бы неплохо просто получить быстрый полный обзор из данных.

ps. Я пытался

 options(max.print=1000000)
  

но это не решило проблему для меня.

Я использую для захвата summary выходных данных для multipatt объекта, но больше не делаю, потому что сообщаемые значения p не исправлены для многократного тестирования. Чтобы ответить на вопрос OP, вы можете получить итоговый результат с помощью capture.output

пример. dat.multipatt.summary<-capture.output(summary(dat.multipatt, indvalcomp=TRUE))

Опять же, я не рекомендую это. Очень важно исправить p-значения для многократного тестирования, поэтому summary вывод фактически бесполезен. Для ясности ?multipatt говорится:

«подпишите таблицу данных результатами наилучшего соответствия шаблону, значением ассоциации и степенью статистической значимости ассоциации (т. е. p-значениями из теста перестановки). Обратите внимание, что p-значения не корректируются при многократном тестировании.»

Я только что опубликовал ответ о том, как исправить p-значения здесь https://stats.stackexchange.com/questions/370724/indiscpecies-multipatt-and-overcoming-multi-comparrisons/401277#401277

У меня нет никакого опыта работы с этим пакетом, и поскольку вы не предоставили данные, их трудно воспроизвести. Но поскольку summary возвращает NULL, вы уверены, что ваш x вычислен правильно? Проверьте object.size или class или что-то еще из x , чтобы увидеть, действительно ли в нем есть какой-либо контент. Также вместо того, чтобы обращаться ко всему содержимому summary(x) вместе, вы можете использовать @ для доступа к его слотам (аналогично $ в dataframe).

Если вам нужна дополнительная помощь, было бы лучше предоставить хотя бы небольшое подмножество или некоторые другие образцы данных, чтобы сообщество могло с ними работать.