Блог

Я пытаюсь написать программу, которая скопирует файл в строку (пока все хорошо получается), которая будет содержать базы ДНК. Затем основы преобразуются в белки, сначала находят первую последовательность ATG, затем считывают последовательности по 3 и конвертируют их, записывая в другой файл.

На данный момент программа завершает работу перед входом в первый цикл for .. И я не знаю, что вызывает проблему.

 int proteina(char DNA_origem[], char proteina_destino[]){
char aminocidosING [64][14]={"Isoleucine","Isoleucine","Isoleucine","Leucine","Leucine","Leucine","Leucine","Leucine","Leucine","Valine","Valine","Valine","Valine","Phenylalanine","Phenylalanine","Methionine","Cysteine","Cysteine","Alanine","Alanine","Alanine","Alanine","Glycine","Glycine","Glycine","Glycine","Proline","Proline","Proline","Proline","Threonine","Threonine","Threonine","Threonine","Serine","Serine","Serine","Serine","Serine","Serine","Tyrosine","Tyrosine","Tryptophan","Glutamine","Glutamine","Asparagine","Asparagine","Histidine","Histidine","Glutamic acid","Glutamic acid","Aspartic acid","Aspartic acid","Lysine","Lysine","Arginine","Arginine","Arginine","Arginine","Arginine","Arginine","Stop codons","Stop codons","Stop codons"};
char aminocidosPT [64][18]={"Isoleucina","Isoleucina","Isoleucina","Leucina","Leucina","Leucina","Leucina","Leucina","Leucina","Valina","Valina","Valina","Valina","Fenilalanina","Fenilalanina","Metionina","Cisteína","Cisteína","Alanina","Alanina","Alanina","Alanina","Glicina","Glicina","Glicina","Glicina","Prolina","Prolina","Prolina","Prolina","Treonina","Treonina","Treonina","Treonina","Serina","Serina","Serina","Serina","Serina","Serina","Tirosina","Tirosina","Triptofano","Glutamina*","Glutamina","Asparagina","Asparagina","Histidina","Histidina","Ácido glutâmico","Ácido glutâmico","Ácido aspártico","Ácido aspártico","Lisina","Lisina","Arginina","Arginina","Arginina","Arginina","Arginina","Arginina","Códons Stop","Códons Stop","Códons Stop"};
char codoes[64][3]={"ATT","ATC","ATA","CTT","CTC","CTA","CTG","TTA","TTG","GTT","GTC","GTA","GTG","TTT","TTC","ATG","TGT","TGC","GCT","GCC","GCA","GCG","GGT","GGC","GGA","GGG","CCT","CCC","CCA","CCG","ACT","ACC","ACA","ACG","TCT","TCC","TCA","TCG","AGT","AGC","TAT","TAC","TGG","CAA","CAG","AAT","AAC","CAT","CAC","GAA","GAG","GAT","GAC","AAA","AAG","CGT","CGC","CGA","CGG","AGA","AGG","TAA","TAG","TGA"};
char proteinas[64][1] = {"I","I","I","L","L","L","L","L","L","V","V","V","V","F","F","M","C","C","A","A","A","A","G","G","G","G","P","P","P","P","T","T","T","T","S","S","S","S","S","S","Y","Y","W","Q","Q","N","N","H","H","E","E","D","D","K","K","R","R","R","R","R","R",".",".","."};

/* a esta altura suponho que tenhas definido na main as strings dos aminoácidos*/


char **string1; 
FILE * ficheiro;
FILE * ficheiro_close;
int f_cmp; 
int k, i, start=0; /* variavel de comprimento */
char proteina_origem;

ficheiro = fopen(DNA_origem,"r"); /* DNA origem e a variavel onde ta guardada o nome do ficheiro do utilizador */
ficheiro_close = fopen(proteina_destino,"w ");

fscanf(ficheiro,"%c",string1); /* isto lê os conteudos da stream para a string, copiando pra lá o ficheiro. */

for(i=1;i<=f_cmp;i  ) {

   if (strncmp(string1[i],codoes[15],3)==0) {
      fputs(proteinas[15],ficheiro_close);

      for(k=i 2;k<=f_cmp;k 3) {

         if ((strncmp(string1[k],codoes[k],3))==0) {
            fputs(proteinas[k],ficheiro_close);

            if (k==61amp;amp;k==62amp;amp;k==63) {
                return(0);
            }
          }
        }
      }
    }
}
  

Кроме того, компилятор выдает предупреждение, если я не использую ** при определении символа. Не могли бы вы пролить немного света, пожалуйста? Это должен быть всего лишь простой проект, но я застрял в этой последней функции..

Не обращайте внимания на имена переменных и комментарии, они на португальском.

Большое вам спасибо за ваше время!

Если вы используете указатели, то после объявления вы должны инициализировать указатель подходящей допустимой памятью. После инициализации указатель указывает только на адрес, либо на адрес какой-либо другой переменной, либо на память, которую вы создаете для этого указателя (например, с помощью malloc() или оператора new). Лучше используйте массив символов, если это не повредит вашему подходу к кодированию для выполнения вашей задачи.

Однако, если вы объявите string1 как

символ ** string1

используйте fscanf следующим образом:

fscanf(ficheiro,"%c", *string1);

Я полагаю, что одна проблема связана с вашим fscanf вызовом. Вы пытаетесь отсканировать значение и сохранить его в переменной string1, но для string1 не выделено памяти. Как у вас есть сейчас, string1 — это просто указатель на указатель на символ char, поэтому нет места для хранения фактического строкового значения. Вы могли бы либо разместить его в стеке, либо разместить в куче. Попробуйте что-то вроде этого:

 char string1[80]; // Or use whatever size makes sense here

...

fscanf(ficheiro, "%c", string1);
  

Кроме того, возможно, вы уже делаете это, но вы должны fclose восстановить файлы, когда закончите с ними.

Это неправильно :

fscanf(ficheiro,"%c",string1);

Я вижу, что string1 только объявлена, но не инициализирована.