Блог

Я пишу скрипт, в котором я хочу, чтобы пользователь вводил путь к файлу, который затем будет проанализирован остальной частью скрипта, чтобы узнать, с каким файлом работать.

Для краткости вот начало кода, в котором у меня проблема:

 ### import modules
import pyabf

#### open file and extract basic data 
file_path = input('file path?')
abf = pyabf.ABF(file_path)
data = abf.data
  

Если я запускаю скрипт в этой форме, я получаю следующую ошибку:

Файл «/Users/XXX/anaconda3/envs/blah_blah/lib/python3.6/site-packages/pyabf/abf.py «, строка 65, при инициализации возникает ошибка значения(«файл ABF не существует: %s» % self.abfFilePath) Ошибка значения: файл ABF не существует

И вот часть скрипта, которая выдает мне эту ошибку:

 # clean-up file paths and filenames, then open the file
    self.abfFilePath = os.path.abspath(abfFilePath)
    if not os.path.exists(self.abfFilePath):
        raise ValueError("ABF file does not exist: %s" % self.abfFilePath)
    self.abfID = os.path.splitext(os.path.basename(self.abfFilePath))[0]
    log.debug(self.__repr__())
  

Если я запускаю строки кода по отдельности в консоли, все работает:

 abf = pyabf.ABF(file_path)  # same path as before works to open the file 
data = abf.data # then manages to extract the correct numpy array. 
  

Что происходит с путем, когда он вводится в качестве пользовательского ввода, в отличие от указания непосредственно в аргументе, где он будет использоваться? Я пытался ввести путь разными способами с помощью или без » or (), но я не могу заставить pyabf распознать его.Скрипт ABF.

Я взглянул на ОС.информация о пути и, насколько я могу понять, строка os.path.abspath (abfFilePath), которая сейчас прослушивается, должна просто возвращать абсолютное имя пути. Я уверен, что это, вероятно, что-то простое и очевидное, чего я просто не понимаю.

Надеюсь, кто-нибудь здесь сможет помочь.

Спасибо!