Блог

Главная - Вопросы по программированию - Подмножество набора выражений

Подмножество набора выражений

#r #expression #bioconductor

#r #выражение #биопроводник

Вопрос:

У меня есть ExpressionSet объект, который я хочу подмножествовать. Например, 

 > str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

Я хочу извлечь подмножество, где STATUS==0 . Я пытался:

 exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

но это не работает.

Ответ №1:

Вы почти на месте. Исходя из вашей структуры данных, я думаю, что должно сработать следующее:

 exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

Если вы посмотрите на эту статью, то увидите множество примеров подстановки данных в зависимости от нагрузки и времени. Я должен признать, что я автор этой статьи.

Комментарии:

1. @Joris: Меня всегда немного смущает самореклама — в конце концов, я британец, — но когда я проанализировал свой первый набор данных микрочипов, я пожалел, что у меня нет похожей статьи, на которую можно было бы взглянуть.

2. Использование ESet$STATUS == 0 ; смотрите целевую страницу Biobase и раздел «Основы набора выражений» «Введение в Biobase и ExpressionSet» в дополнение к ?ExpressionSet .

3. @csgillespie : Не могли бы вы, пожалуйста, обновить ссылку, старая, похоже, мертва