#r #dendrogram #dendextend #r-corrplot #heatmaply
#r #дендрограмма #расширение #r-corrplot #тепловая карта
Вопрос:
Есть ли у кого-нибудь способ украсить график корреляции R corrplot дендрограммой?
Комментарии:
1. Мне было так грустно не видеть никаких ответов на это
2. … 2 года спустя все еще грустно 🙁
3. @Sosi — если это вас подбодрит, я добавил ответ.
Ответ №1:
Фактически в heatmaply эта функциональность встроена примерно с декабря 2017 года! Смотрите приведенный ниже пример, взятый из предстоящей версии v1.0:
library("heatmaply")
r <- cor(mtcars)
## We use rcorr to calculate a matrix of p-values from correlation tests
library("Hmisc")
mtcars.rcorr <- rcorr(as.matrix(mtcars))
p <- mtcars.rcorr$P
heatmaply_cor(
r,
node_type = "scatter",
point_size_mat = -log10(p),
point_size_name = "-log10(p-value)",
label_names = c("x", "y", "Correlation")
)
Ответ №2:
Самое близкое решение, о котором я знаю, — использовать тепловую карту для корреляционной матрицы, например, вы также можете использовать gplots::heatmap.2.
Вот как это сделать с помощью пакета heatmaply R, который также предлагает интерактивный интерфейс, в котором вы можете увеличивать масштаб и получать всплывающую подсказку при наведении курсора мыши на ячейки:
# for the first time:
# install.packages("heatmaply")
library(heatmaply)
my_cor <- cor(mtcars)
heatmaply_cor(my_cor)
Вот как это выглядит:
Вы можете узнать больше о тепловой карте в этой виньетке.