Блог

Я использую драйвер Neo4j Bolt 1.7 для Python для извлечения путей из определенной базы данных, вот пример кода, который вызывает проблему.

 from neo4j import GraphDatabase

uri = "bolt://0.0.0.0:7878"
driver = GraphDatabase.driver(uri, auth=("neo4j", "neo4j"))

db = driver.session()
query =  '''
    MATCH tree = (n:Class)-[r:SUBCLASSOF*{depth}]->(parent)      # <---- ERROR here
    WHERE n.obo_id = {go}
    RETURN [n in nodes(tree) | n.obo_id] as GOID
'''
results = []
goid = "GO:0051838"
for record in db.run(query, go=goid, depth="..2"):
    results.append(record["GOID"])

print(results)
  

Когда я использую {depth} параметр, я получаю следующую ошибку:

 Traceback (most recent call last):
  File "neoEnrich.py", line 16, in <module>
    for record in db.run(query, go=goid, depth="..2"):
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/neo4j/__init__.py", line 499, in run
    self._connection.fetch()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/neobolt/direct.py", line 414, in fetch
    return self._fetch()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/neobolt/direct.py", line 454, in _fetch
    response.on_failure(summary_metadata or {})
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/neobolt/direct.py", line 738, in on_failure
    raise CypherError.hydrate(**metadata)
neobolt.exceptions.CypherSyntaxError: Parameter maps cannot be used in MATCH patterns (use a literal map instead, eg. "{id: {param}.id}") (line 2, column 38 (offset: 42))
"    MATCH tree = (n:Class)-[r:SUBCLASSOF*{depth}]->(parent)"
                                          ^
  

при замене {depth} на ..2 я получил желаемый результат:

 [['GO:0051838', 'GO:0051801'],
 ['GO:0051838', 'GO:0051801', 'GO:0051883'],
 ['GO:0051838', 'GO:0051801', 'GO:0051715'],
 ['GO:0051838', 'GO:0051873'],
 ['GO:0051838', 'GO:0051873', 'GO:0051883'],
 ['GO:0051838', 'GO:0051873', 'GO:0051852']]
  

Есть ли способ разрешить параметры глубины здесь? Поскольку пользователь будет указывать глубину (будет параметром функции).

Параметрам не разрешено устанавливать метки узлов, метки отношений, глубины отношений.

Если вам действительно нужна эта глубина в качестве параметра, тогда создайте запрос в виде строки в python и передайте ему глубины отношений в качестве параметра.

Оставьте другие параметры (здесь go ) такими, какие есть в запросе.

Вы можете использовать параметры для minLevel и maxLevel аргументов функции APOC apoc.path.expand.

Например:

 MATCH (n:Class)
WHERE n.obo_id = $go
CALL apoc.path.expand(n, "SUBCLASSOF>", "", 1, $depth) YIELD path
RETURN [n IN NODES(path) | n.obo_id] AS GOID
  

Как насчет

 MATCH tree = (n:Class)-[r:SUBCLASSOF*..10]->(parent)
WHERE LENGTH(tree)<=$depth
  

Благодаря @Raj answer самым простым решением, которое я нашел, было использовать .format()

Запрос становится:

 query =  '''
    MATCH tree = (n:Class)-[r:SUBCLASSOF*{depth}]->(parent)
    WHERE n.obo_id = "{go}"
    RETURN [n in nodes(tree) | n.obo_id] as GOID
'''
  

Затем сконструировал запрос и выполнил db.run()

 full_query = query .format(go=goid, depth="..2")
for record in db.run(full_query):
    ...