Блог

Я пытался выполнить вложенный цикл в файле XSL, но застрял после нескольких попыток

Мой XML-файл выглядит следующим образом

 <chromosome cnumber="X" cstart="10000" cend="1000000">
    <gene>
        <gname>ENSG00000216667</gname>
        <gstart>100411</gstart>
        <gend>102713</gend>
        <external_ref>
            <one>OTTG:OTTHUMG00000046372</one>
            <two>HGNC:CXYorf11</two>
            <three>HGNC_curated_gene:CXYorf11</three>
        </external_ref>
        <transcript>
            <tname>ENST00000406851</tname>
            <tstart>100411</tstart>
            <tend>102713</tend>
            <tstrand> 1</tstrand>
        </transcript>
    </gene>
    <gene>
        <gname>ENSG00000182378</gname>
        <gstart>122990</gstart>
        <gend>150024</gend>
        <external_ref>
            <one>UCSC:uc004cpa.1</one>
            <two>UCSC:uc004cpb.1</two>
            <three>HGNC:PLCXD1</three>
            <four>HGNC_automatic_gene:PLCXD1</four>
        </external_ref>
        <transcript>
            <tname>ENST00000381657</tname>
            <tstart>127860</tstart>
            <tend>150024</tend>
            <tstrand> 1</tstrand>
        </transcript>
        <transcript>
            <tname>ENST00000399012</tname>
            <tstart>122990</tstart>
            <tend>150021</tend>
            <tstrand> 1</tstrand>
        </transcript>
        <transcript>
            <tname>ENST00000381663</tname>
            <tstart>122992</tstart>
            <tend>150021</tend>
            <tstrand> 1</tstrand>
        </transcript>
    </gene>
    <gene>
        <gname>ENSG00000214798</gname>
        <gstart>148481</gstart>
        <gend>149027</gend>
        <external_ref>
            <one>UCSC:uc004cpc.1</one>
            <two>Clone_based_ensembl_gene:BX000483.7</two>
        </external_ref>
        <transcript>
            <tname>ENST00000399005</tname>
            <tstart>148481</tstart>
            <tend>149027</tend>
            <tstrand> 1</tstrand>
        </transcript>
    </gene>
    <gene>
        <gname>ENSG00000178605</gname>
        <gstart>150026</gstart>
        <gend>160887 </gend>
        <external_ref>
            <one>UCSC:uc004cpe.1</one>
            <two>HGNC:GTPBP6</two>
            <three>HGNC_automatic_gene:GTPBP6</three>
        </external_ref>
        <transcript>
            <tname>ENST00000326153</tname>
            <tstart>150026</tstart>
            <tend>160887</tend>
            <tstrand>-1</tstrand>
        </transcript>
    </gene>
    <gene>
  

Здесь я попробовал XSLT таким образом

 <xsl:for-each select="chromosome/gene">
    Name: <xsl:value-of select="gname" /> <br />
    Start Region: <xsl:value-of select="gstart" /> <br />
    End Region: <xsl:value-of select="gend" /> <br /> 
    <xsl:value-of select="external_ref/one "/><br />
    <xsl:value-of select="external_ref/two "/>
    <xsl:if test="external_ref/three !=' '"><br/>
        <xsl:value-of select="external_ref/three "/>
    </xsl:if>
    <xsl:if test="external_ref/four !=' '"><br/>
        <xsl:value-of select="external_ref/four "/>
    </xsl:if>
    <xsl:for-each select="chromosome/gene/transcript">
        Name:<xsl:value-of select="tname" /></strong> <br />
        Start Region: <xsl:value-of select="tstart" /> <br />
        End Region: <xsl:value-of select="tend" /> <br />
        Strand: <xsl:value-of select="tstrand" />
    </xsl:for-each>
</xsl:for-each>
  

Проблема в том, что я не получаю никакой расшифровки; когда я использую только одну для каждого цикла вверху, я получаю только одну расшифровку, не целую, из списка xml

Ребята, можете ли вы указать на мою ошибку, я совершенно новичок в XSLT.

Спасибо

С внешним <xsl:for-each циклом вы уже находитесь на уровне хромосомы / гена. Думайте об этом как о «переходе в этот каталог» в файловой системе.

Если вы хотите получить расшифровку изнутри, вам нужно только выбрать это, например:

 <xsl:for-each select="transcript">