Блог

tldr: я хочу преобразовать [125, 119, 48, 126, 40] в выходную строку, }w0~(

Чтобы привести реальный пример, я работаю с данными последовательности в формате fastq (вот ссылка на импортированную библиотеку).

cat example.fastq выводит следующее:

 @some/random/identifier
ACTAG
 
}w0~(
  

Приведенный ниже код julia демонстрирует чтение файла fastq:

 import BioSequences.FASTQ


fastq_stream = FASTQ.Reader(open("example.fastq", "r"))
for record in fastq_stream
    # Still need to learn, why this offset of 33?
    println(
        Vector{Int8}(FASTQ.quality(record, :sanger)) .  33
    )
    println(
        String(FASTQ.sequence(record))
    )
    println(
        String(FASTQ.identifier(record))
    )
    break
end
close(fastq_stream)
  

Этот код выводит следующее:

 [125, 119, 48, 126, 40]
ACTAG
some/random/identifier
  

Я не хочу хранить эту информацию в списке. Я бы предпочел преобразовать его в строку. Итак, результат, который я ищу здесь, это:

 }w0~(
ACTAG
some/random/identifier
  

 julia> String(UInt8.([125, 119, 48, 126, 40]))
"}w0~("
  

Объяснение

в Julia строки создаются с использованием набора байтов. Если вы используете только ASCII, сопоставление символов в байтах простое, и вы можете напрямую работать с необработанными данными (что также является самым быстрым способом сделать это).

Обратите внимание, что, поскольку строки Julia неизменяемы, при создании строки из необработанных байтов начальные байты становятся недоступными — это также означает, что в String процессе создания данные не копируются. Взгляните на приведенный ниже пример:

 julia> mybytes = UInt8.([125, 119, 48, 126, 40]);

julia> mystring = String(mybytes)
"}w0~("

julia> mybytes
0-element Array{UInt8,1}
  

Примечание по производительности

String символы в Julia не интернализированы. В сценариях аналитики всегда рекомендуется использовать Symbol s вместо String s . В некоторых сценариях использование temperature=:hot вместо temperature="hot" может означать сокращение времени выполнения в 3 раза.

РЕДАКТИРОВАТЬ — тест производительности

 julia> using Random, BenchmarkTools;Random.seed!(0);

bb = rand(33:126,1000);

julia> @btime join(Char.($bb));
  31.573 μs (13 allocations: 6.56 KiB)

julia> @btime String(UInt8.($bb));
  711.111 ns (2 allocations: 2.13 KiB)
  

String(UInt8.($bb)) работает более чем в 40 раз быстрее и использует 1/3 памяти

На данный момент я нашел работоспособное решение. Я уверен, что существуют более эффективные решения.

join(Char(i) for i in Vector{Int8}(FASTQ.quality(record, :sanger)) . 33) выдает требуемый мне результат.