#linux #bash #unix #nohup
#linux #bash #unix #nohup
Вопрос:
Например, эта строка завершается ошибкой:
$ nohup for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done > output.txtamp;
-bash: syntax error near unexpected token `do
Как правильно это сделать?
Комментарии:
1. «Почему» заключается в том, что nohup выполняет свои аргументы с помощью
execv()иexecv()принимает вектор аргументов, который передается непосредственно ядру, не проходя ни через какую оболочку. Таким образом, если вам нужна оболочка, вам нужно сказать nohup, чтобы он выполнил ее самостоятельно.
Ответ №1:
Потому что ‘nohup’ ожидает команду из одного слова и ее аргументы, а не конструкцию цикла оболочки. Вам пришлось бы использовать:
nohup sh -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done >output.txt' amp;
Комментарии:
1. Будет ли это перезапись output.txt для каждого файла? Если там есть важная информация, которую вы не хотите перезаписывать, я бы использовал
>>вместо>.2. Если у меня есть важные данные в
output.txt, я бы не запускал в них вывод программы даже в режиме добавления. Я бы создал новый файл, и только когда я был бы удовлетворен тем, что новые данные соответствуют моим желаниям, я бы добавил их к основному файлу. YMMV, конечно.3. @JonathanLeffler однако это не отвечает на вопрос. Я полагаю, что это усекается только один раз.
Ответ №2:
Для меня решение Джонатана некорректно перенаправляет на output.txt. Этот работает лучше:
nohup bash -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done' > output.txt amp;
Ответ №3:
Вы можете сделать это в одной строке, но, возможно, захотите сделать это и завтра.
$ cat loopy.sh
#!/bin/sh
# a line of text describing what this task does
for i in mydir/*.fast ; do
./myscript.sh "$i"
done > output.txt
$ chmod x loopy.sh
$ nohup loopy.sh amp;
Комментарии:
1. Если
loopy.shэто не указано в path, вам нужно вызвать его следующим образом./loopy.sh, по крайней мере, в этой системе Red Hat, с которой я только что попробовал.